BEAST 2
| Stabil frisättning | 2.7.3 / 2022-12-04 |
|---|---|
| Förvar | https://github.com/CompEvol/beast2 |
| Skrivet i | Java |
| Operativ system | Windows , Mac OS X , Linux |
| Licens | GNU Lesser General Public License |
| Hemsida | http://www.beast2.org/ |
BEAST 2 är ett plattformsoberoende program för Bayesiansk analys av molekylära sekvenser . Den uppskattar rotade, tidsinställda fylogenier med hjälp av en rad substitutions- och klockmodeller och en mängd olika trädpreferenser. Det finns ett associerat verktyg, kallat BEAUTi, för att sätta upp standardanalyser (som specificeras med XML ). BEAST 2 är en komplett omskrivning av det tidigare (fortfarande aktivt utvecklade) BEAST-programmet och som sådant bygger på ett stort arbete. En anmärkningsvärd egenskap hos BEAST 2 är förpackningssystemet som har förenklat processen för att implementera nya modeller.
Taming the BEAST är en gemenskapsdriven resurs som lär ut användningen av BEAST 2 och relaterad fylogenetisk programvara.
BEAUti
BEAUti står för "Bayesian Evolutionary Analysis Utility." Det är ett grafiskt användargränssnitt (GUI) som används för att skapa indatafilerna för BEAST 2. Det låter användare enkelt specificera de olika alternativen och inställningarna för sin fylogenetiska analys, såsom datafilen, modellen för molekylär evolution, och de tidigare fördelningarna av modellparametrar. BEAUti tillåter också användare att specificera parametrarna för MCMC-analysen, såsom kedjelängden och samplingsfrekvensen. Detta gör det till ett användarvänligt sätt att köra BEAST 2, eftersom det eliminerar behovet för användare att manuellt redigera XML-indatafiler.
BEAUti tillåter användare att enkelt installera och hantera olika paket, såsom modeller av molekylär evolution eller koalescerande modeller. Dessa paket kan installeras direkt från BEAUti, se till exempel paketen på Comprehensive BEAST Archive Network (CBAN). Detta gör det enkelt att lägga till ny funktionalitet till analysen utan att manuellt behöva ladda ner och installera paketen.