B-box zinkfinger
| zf-B_box | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 Struktur för xnf7 B-box,
| |||||||||
| utvecklingsproteinidentifierare | |||||||||
| Symbol | zf-B_box | ||||||||
| Pfam | PF00643 | ||||||||
| InterPro | IPR000315 | ||||||||
| PROSITE | PDOC50015 | ||||||||
| SCOP2 | 1fre / SCOPe / SUPFAM | ||||||||
| CDD | cd00021 | ||||||||
| |||||||||
Inom molekylärbiologi är zinkfingerdomänen av B-box-typ en kort proteindomän med cirka 40 aminosyrarester i längd. B-box zinkfingrar kan delas in i två grupper, där typ 1 och 2 B-box-domäner skiljer sig åt i sin konsensussekvens och i avståndet mellan de 7-8 zinkbindande resterna. Flera proteiner innehåller både typ 1 och 2 B-boxar, vilket tyder på en viss grad av samverkan mellan dessa två domäner.
Förekomst
B-box-domäner finns i över 1500 proteiner från en mängd olika organismer. De finns i TRIM-proteiner (trepartsmotiv) som består av ett N-terminalt RING-finger (ursprungligen kallat A-box), följt av 1-2 B-box-domäner och en coiled-coil-domän (även kallad RBCC för Ring, B-box, Coiled-Coil). TRIM-proteiner innehåller en typ 2 B-box-domän och kan även innehålla en typ 1 B-box. I proteiner som inte innehåller RING- eller coiled-coil-domäner är B-box-domänen primärt typ 2. Många typ 2 B-box-proteiner är involverade i ubiquitinylering. Proteiner som innehåller en B-box zinkfingerdomän inkluderar transkriptionsfaktorer , ribonukleoproteiner och proto-onkoproteiner; till exempel MID1, MID2, TRIM9 , TNL, TRIM36, TRIM63 , TRIFIC, NCL1 och CONSTANS-liknande proteiner.
Det mikrotubuli-associerade E3- ligaset MID1 ( EC ) innehåller en typ 1 B-box zinkfingerdomän. MID1 binder specifikt Alpha-4, som i sin tur rekryterar den katalytiska subenheten av fosfatas 2A (PP2Ac). Detta komplex krävs för inriktning av PP2Ac för proteasommedierad nedbrytning . MID1 B-boxen koordinerar två zinkjoner och antar en beta/beta/alfa-korsstagstruktur som liknar den för ZZ, PHD, RING och FYVE zinkfingrar.
Homologer
Prokaryota homologer av domänen är närvarande i flera bakterielinjer och metanogena arkéer, och visar ofta fusioner till peptidasdomäner såsom det romboidliknande serinpeptidaset och Zn-beroende metallopeptidas . Andra versioner innehåller vanligtvis transmembranspiraler och kan också visa fusioner till domäner som DNAJ, FHA, SH3, WD40 och tetratricopeptidrepetitioner. Tillsammans föreslår dessa associationer en roll för de prokaryota homologerna av B-box zinkfingerdomänen vid proteolytisk bearbetning, veckning eller stabilitet av membranassocierade proteiner. Domänens arkitektoniska syntax är anmärkningsvärt lik den som ses i prokaryota homologer av AN1 zinkfinger- och LIM -domänerna.