Aspergillus fumigatus icke-kodande RNA
Aspergillus fumigatus är en patogen filamentös svamp och är ansvarig för fler infektioner över hela världen än någon annan mögel. Studier av det lilla icke-kodande RNA- transkriptomet av denna svamp under en mängd olika förhållanden och den efterföljande genereringen av cDNA-bibliotek från storleksutvalda små RNA-arter, identifierade flera icke-kodande RNA:n (ncRNA) inom svampens genom. De ncRNA som identifierades klassificerades vidare som små nukleolära RNA (snoRNA), små nukleära RNA (snRNA) eller nya ncRNA. Uttrycket av dessa ncRNA visade sig också påverkas av utvecklingsstadier av svampen och miljöförhållanden. Jämförande genomik visade att snoRNA som finns i A. fumigatus är konserverade över andra svampstammar. Denna studie identifierade också flera partiella tRNA- sekvenser inom cDNA-biblioteken som motsvarade antingen 5'- eller 3'-halvorna av tRNA-molekyler. Dessa partiella tRNA tros ha skapats genom enonuklolytisk klyvning inom antikodonloopen . Det har föreslagits att dessa partiella tRNA stannar proteinsyntes , men ytterligare studier krävs för att bestämma deras exakta funktion. Tabellen nedan sammanfattade typen, genomläget och motsvarande målställen för ncRNA:n som identifierats i A. fumigatus .
Icke-kodande RNA som finns i A. fumigatus
| namn | Storlek | Genomet läge | Mål | Typ | Tillträdesnummer |
|---|---|---|---|---|---|
| U1-1 | 132 | Intergenic; Afu1g06980/Afu1g07000 | snRNA | AM921915 | |
| U1-2 | 132 | Intergenic; Afu4g12490/Afu4g12500 | snRNA | AM921916 | |
| U5 | 99 | Intergenic; Afu6g12670/Afu6g12680 | snRNA | AM921917 | |
| U6 | 50 | Intergenic; Afu4g12500/Afu4g12520 Intergenic; Afu2g10150/Afu2g10160 | snRNA | AM921918 | |
| Afu-191 | 92 | Intergenic; Afu1g10270/Afu1g10280 | Gm75 i 5.8S och Am32 i U2 | C/D-box snoRNA | AM921920 |
| Afu-190 | 107 | Intergenic; Afu4g11320/Afu4g11330 | Gm557 i 18S | C/D-box snoRNA | AM921921 |
| Afu-198 | 130 | Intergenic; Afu1g02700/Afu1g02680 | Cm2856 och Um 2859 i 26S | C/D-box snoRNA | AM921922 |
| Afu-294 | 85 | Intergenic; Afu1g09750/Afu1g09760 | Cm1851 i 26S; Am43 i 5.8S | C/D-box snoRNA | AM921923 |
| Afu-264 | 103 | Intergenic; Afu7g05290/Afu7g05300 | Gm2770 och Gm2773 i 26S; | C/D-box snoRNA | AM921924 |
| Afu-277 | 100 | Intergenic; Afu1g09740/Afu1g09760 | Um2706 i 26S; Am97 i 18S; Cm47 i 5,8S | C/D-box snoRNA | AM921925 |
| Afu-188 | 84 | Intergenic; Afu4g11310/Afu4g11320 | Am25 och Um26 i 18S | C/D-box snoRNA | AM921927 |
| Afu-304 | 106 | Intron 2 (avkänning); Afu1g09800 | Cm2925 i 26S | C/D-box snoRNA | AM921929 |
| Afu-380 | 87 | Intergenic; Afu4g06780/Afu4g06770 | Um2701 i 26S | C/D-box snoRNA | AM921930 |
| Afu-513 | 129 | Intergenic; Afu4g11310/Afu4g11320 | Gm1338 och Gm3719 i 26S | C/D-box snoRNA | AM921931 |
| Afu-328 | 75 | Intron 2 (avkänning); Afu6g04570 | Gm2792 i 26S | C/D-box snoRNA | AM921932 |
| Afu-335 | 97 | Intron 2 (avkänning); Afu1g04840 | Cm2316 i 26S | C/D-box snoRNA | AM921933 |
| Afu-438 | 83 | Intergenic; Afu2g15980/Afu2g15970 | Am2877 i 26S | C/D-box snoRNA | AM921934 |
| Afu-455 | 92 | Intergenic; Afu1g09760/Afu1g09740 | Gm1122 i 18S | C/D-box snoRNA | AM921935 |
| Afu-40 | 90 | Intergenic; Afu4g11310/Afu4g11320 | C/D-box snoRNA | AM921936 | |
| Afu-514 | 105 | Intergenic; Afu6g03830/Afu6g03840 | C/D-box snoRNA | AM921937 | |
| Afu-515 | 89 | Intergenic; Afu4g11310/Afu4g11320 | C/D-box snoRNA | AM921938 | |
| Afu-199 | 79 | Intron 1 (avkänning); Afu7g02320 | C/D-box snoRNA | AM921939 | |
| Afu-298 | 93 | Intergenic; Afu1g05080/Afu1g05100 | C/D-box snoRNA | AM921940 | |
| Afu-300 | 88 | Intergenic; Afu4g11310/Afu4g11320 | C/D-box snoRNA | AM921941 | |
| Afu-215 | 24 | Intergenic; Afu5g12870/Afu5g12880 | C/D-box snoRNA | AM921942 | |
| Afu-511 | 164 | Intergenic; Afu1g03400/Afu1g03410 | C/D-box snoRNA | AM921943 | |
| Afu-210 | 24 | Intron 2 (avkänning); Afu2g03610 | C/D-box snoRNA | AM921944 | |
| Afu-265 | 23 | Intergenic; Afu3g02340/Afu3g02370 | C/D-box snoRNA | AM921945 | |
| Afu-182 | 219 | Intergenic; Afu4g07680/Afu4g07690 | roman | AM921946 | |
| Afu-202 | 266 | Intergenic; Afu1g10420/Afu1g10430 | SRP RNA | AM921947 | |
| Afu-254 | 163 | Intergenic; Afu7g04110/Afu7g04120 | roman | AM921949 | |
| Afu-203 | 111 | Intron 1 (avkänning); Afu3g14240 | roman | AM921950 | |
| Afu-309 | 318 | Intergenic; Afu4g10430/Afu4g10420 | roman | AM921953 |