Andra generationens Multiplex Plus
Second Generation Multiplex Plus (SGM Plus) , är ett DNA-profileringssystem utvecklat av Applied Biosystems . Det är en uppdaterad version av andra generationens multiplex . SGM Plus har använts av UK National DNA Database sedan 1998.
En SGM Plus-profil består av en lista med 10 nummerpar, ett nummerpar för var och en av 10 genetiska markörer , tillsammans med två bokstäver (XX eller XY) som visar resultatet av Amelogenin könsindikerande test. Varje nummerpar betecknar de två allelvärdena för markören - ett värde ärvs från var och en av försökspersonens föräldrar. Om båda allelerna är lika, registreras bara ett enda nummer, snarare än ett par.
Genetiska markörer
De genetiska markörerna (eller loci ) som används av SGM Plus är alla korta tandemupprepningar (STR). Markörerna som används är: VWA, D8S1179, D21S11, D18S51, TH01, FGA, D3S1358, D16S539, D2S1338 och D19S433. Där en markörs beteckning börjar med D indikerar siffrorna omedelbart efter D kromosomen som innehåller markören. Till exempel är D21S11 på kromosom 21 . SGM Plus använder också det könsindikerande testet amelogenin (amelo).
SGM Plus skiljer sig från SGM genom att SGM inte använder markörerna D3S1358, D16S539, D2S1338 och D19S433.
SGM Plus har åtta markörer gemensamma med CODIS FGA, TH01, VWA, D3S1358, D8S1179, D16S539, D18S51 och D21S11. Den skiljer sig från CODIS genom att den använder de extra markörerna D2S1338 och D19S433 och inte använder de fem markörerna CSF1PO, TPOX, D5S818, D7S820, D13S317.
|
Lokusbeteckning _ |
Kromosomplacering _ |
Vanligt sekvensmotiv |
Allelintervall _ |
Storleksintervall (bp) |
Färgämnesetikett |
|---|---|---|---|---|---|
| FGA | 4q28 | (TTTC) 3 TTTT TTCT (CTTT) n CTCC (TTCC) 2 | 12,2-51,2 | 215–353 | NED |
| TH01 | 11p15,5 | (AATG) n | 3-14 | 165–204 | NED |
| VWA | 12p12-pter | TCTA(TCTG) 3-4 (TCTA) n | 10-25 | 157–209 | 5-FAM |
| D2S1338 | 2q35–37.1 | (TGCC) n (TTCC) n | 15-28 | 289–341 | 5-FAM |
| D3S1358 | 3p | TCTA (TCTG) 1-3 (TCTA) n | 8-21 | 114–142 | 5-FAM |
| D8S1179 | 8 | (TCTR) n | 7-20 | 128–172 | JOE |
| D16S539 | 16q24-qter | (AGAT) n | 5-16 | 234–274 | 5-FAM |
| D18S51 | 18q21.3 | (AGAA) n | 7-39,2 | 26–345 | JOE |
| D19S433 | 19q12–13.1 | (AAGG)(AAAG)(AAGG)(TAGG)(AAGG) n | 9-17.2 | 106–140 | NED |
| D21S11 | 21q11.2–q21 | (TCTA) n (TCTG) n [(TCTA) 3 TA(TCTA) 3 TCA (TCTA) 2 TCCA TA] (TCTA) n | 12-41,2 | 187–243 | JOE |
| Amelogenin |
X: p22,1–22,3 Y: p11,2 |
— | — | 107 113 | JOE |
Dye taggar
Primerna är märkta med följande fluorescerande färgämnen för detektering under elektrofores:
- 5-FAM
- JOE
- NED
Primers för varje lokus är arrangerade på färgämnena i följande ordning, från låg molekylvikt till stor molekylvikt:
- 5-FAM: D3, VWA, D16, D2
- JOE: Amelo, D8, D21, D18
- NED: D19, THO, FGA
Färgämnena till vilka varje primer är fäst skiljer sig från de i det ursprungliga SGM DNA-profileringssystemet.
Exempel på SGM Plus-profil
SGM Plus-profilen för ämnet GT36865 från ett papper från National Institute of Standards and Technology ges nedan:
| Ställe | Allelvärden |
|---|---|
| FGA | 22,22 |
| TH01 | 6,7 |
| VWA | 14,16 |
| D2S1338 | 19,24 |
| D3S1358 | 17,17 |
| D8S1179 | 13,14 |
| D16S539 | 9,13 |
| D18S51 | 13,16 |
| D19S433 | 14,15 |
| D21S11 | 30,30 |
| Amelogenin | XX |
En SGM Plus-profil hämtad från en DNA-databas skulle bara lista allelvärdena:
15,18; 6,9; 11,13; 22,22; 31,32,2; 14,17; 17,20; 11,12; 13,16,3; 15,16; XY
Varje värde är antalet tandemupprepningar inom allelen. En icke-standardupprepning betecknas med antalet kompletta upprepade enheter och antalet baspar för den partiella upprepningen, separerade med en decimalkomma.
Sannolikhet för identitet
Sannolikheten för identifiering (även känd som slumpmässig matchningssannolikhet) är sannolikheten att två slumpmässigt utvalda individer kommer att ha en identisk genetisk profil.
Applied Biosystems uppskattar sannolikheten för identitet för SGM Plus till ungefär 1 på 13 biljoner för afroamerikaner och 1 på 3,3 biljoner kaukasiska amerikaner.
Human Genetics Commission har rapporterat att sannolikheten för slumpmässig matchning är i området 1 på en biljon. Däremot stod det "När SGM Plus-profileringssystemet först introducerades fanns det enighet inom forskarvärlden om att identifieringar med matchningssannolikheter lägre än en på en miljard inte skulle citeras i domstol, för att undvika att överskatta värdet av DNA-bevisen för att ta hänsyn till att matchningssannolikheter bara är uppskattningar och för att säkerställa att siffran som användes var en som var meningsfull för icke-specialister."
UK Crown Prosecution Service säger "SGM Plus DNA-profilering är mycket diskriminerande mellan individer. Sannolikheten för att få en matchning mellan profilerna för två obesläktade individer av en slump är mycket låg, i storleksordningen 1 på en miljard. Det har dock inte ändå varit möjligt att utföra den statistiska testningen som krävs för att kunna citera denna matchningssannolikhet, och i praktiken används en mer konservativ chansmatchningssiffra på 1 på 1 000 miljoner."