Lagen spelade mot varandra i hemma-och-borta round-robin-format , ursprungligen planerat mellan november 2019 och september 2020.
På grund av covid-19-pandemin skjuts alla matcher på matchdag 3 och 4 in i mars 2020 upp tills vidare. FIFA rekommenderade att alla landskamper i juni 2020 (matchdag 5) skulle skjutas upp, och även skjuta upp perioden för september 2020 (matchdag 6) för CAF.
Den 30 juni 2020 meddelade CAF att finalturneringen 2021 i Afrikacupen hade skjutits upp från januari 2021 till januari 2022, utan att tillkännage de nya datumen för de återstående kvalmatcherna. Den 19 augusti 2020 tillkännagav CAF de nya datumen för de återstående kvalmatcherna, med matchdagar 3 och 4 omplanerade till att spelas mellan 9–17 november 2020, och matchdagar 5 och 6 planerade att spelas mellan 22 och 30 mars 2021.
Burkina Faso och Malawi, gruppvinnare respektive tvåa, kvalificerade sig till Africa Cup of Nations 2021.
47'