Pelini återvände till Nebraska som huvudtränare efter ett år tidigare som defensiv koordinator för Nebraska 2003. Vid slutet av säsongen 2003 utsågs Pelini till tillfällig huvudtränare, efter sparken av Frank Solich , för Nebraskas framträdande i Nebraska. Alamo Bowl mot Michigan State Spartans , en tävling där Nebraska triumferade med 17–3, vilket lämnade Nebraska med en slutlig AP Poll- ranking på 19 och Coaches Poll- ranking på 18. Trots denna prestation och betydande stöd från fansen förpassades Pelini som Solichs permanenta ersättare till förmån för Bill Callahan . Under Pelinis frånvaro från Nebraska, tjänstgjorde han som Co-Defensive Coordinator för Oklahoma Sooners 2004, och defensive Coordinator för LSU Tigers för 2005–2007 innan han återvände till Nebraska efter avskedandet av Callahan.
Nebraska inledde säsongen med förväntningar under genomsnittet efter att ha avslutat 5–7 2007 . Det var dock ett surr i luften när första årets huvudtränare Bo Pelini återvände till Lincoln för att förbättra ett elakat försvar och för att återuppliva programmet. Nebraska spelade mycket bra eftersom försvaret verkade mycket förbättrat från 2007. LB Cody Glenn var ljuspunkten i försvaret och verkade vara med i nästan varje spel. Offensiven fortsatte att vara lika produktiv som vanligt med Joe Ganz som quarterback, på väg mot en vinst med 47–24.
Nebraska kom till sin andra match för året med lite mer säkerhet. San Jose State satte snabbt stopp för det. Spartanerna marscherade över hela Nebraskas försvar på första drivet med Kyle Reed som gjorde mål på en 12-yards löpning. Nebraska gjorde två touchdowns för att återta ledningen under andra kvartalet. Spelet blev mestadels defensivt med San Jose State som gjorde mål i andra och fjärde kvartalen. Efter San Jose States field goal i fjärde kvartalet, returnerade Niles Paul avspark 85 yards för en Nebraska touchdown. Returen utlöste Cornhuskers när de gjorde ytterligare tre touchdowns som förseglade matchen.
TV-sändare (FSN PPV): Ron Thulin (Play-by-play) & Matt Davison (Color)
Nebraska, som gick in i matchen med 2–0, kände sig självsäker mot New Mexico State Aggies som spelade sin första match för säsongen. På sin andra drive gick Aggies enkelt ner på planen bara för att få sin field goal-spark blockerad av Zach Potter. Nebraskas offensiv såg äntligen ut som att det gick ihop och gjorde 35 poäng. Poängen inkluderade Marlon Lucky som tog en toss och kastade den downfield till quarterbacken Joe Ganz och sedan Ganz springer 33 yards på ett alternativspel.
Nebraska, 3–0, gick in i Virginia Tech-spelet och letade efter en vinst över ett rankat lag under det första året av Bo Pelinis första år. Virginia Tech kom först på brädet och blockerade en Dan Titchner-stunt för säkerhets skull. Hokies kontrollerade matchen under större delen av natten, tills senior Nate Swift returnerade en punt 88 yards för en touchdown i fjärde kvartalet. Cornhuskers behövde ett stort defensivt stopp och verkade ha fått det på en 3:e nedgång av Tyrod Taylor . Taylor tacklades utanför spelfältet, men Nebraskas försvarstackling Ndamukong Suh verkade ha hoppat ovanpå Taylor, vilket fick en tjänsteman att kasta en flagga för en sen träff. Bo Pelini, uppenbarligen upprörd, hånlade funktionären om samtalet tills funktionären kastade ytterligare en flagga för en osportsligt uppförandestraff på tränare Pelini. Strafarna satte Virginia Tech nära målzonen och fortsatte Hokies körning, vilket resulterade i att Taylor gjorde en touchdown för att isa matchen.
Missouri kom in i den här matchen efter att ha inte vunnit i Lincoln sedan 1978. Den serien bröts när Missouri vann med bred marginal och gjorde flera poäng. Efter en nära första kvart där Nebraska gjorde en kvittering i matchen, drog tigrarna ifrån och byggde upp en ledning för tre touchdowns i halvtid. Cornhuskers sattes tillbaka med 14 straffar på 101 yards. Tigers å andra sidan var inte tvungna att tippa i spelet. Nebraska lyckades göra slutresultatet lite mer respektabelt med en sen touchdown och genom att stoppa Missouri på fjärde försök tidigare under kvarten.
Efter att ha blivit dirigerad av Missouri, förväntade Nebraska sig mer av samma mot Texas Tech. Istället befann de sig mitt i en strid. Todd Peterson tog en touchdown-passning med :29 kvar för att kvittera matchen vid 31 och tvingade in förlängning. På övertid gjorde Red Raiders en touchdown men fick sin extra poäng blockerad, vilket öppnade dörren för Nebraska att vinna. Men på 2:a försöket avbröts Joe Ganz passning av cornerbacken Jamar Wall , vilket avslutade matchen. Detta var Nebraskas första övertidsförlust i skolans historia.
Att spela Iowa State var tricket för Nebraska att lösa sin tre-game förlustsvit. Nebraska vrålade till en ledning med 21–0 i paus. Iowa State kvävde Nebraskas offensiv för tredje kvartalet och gjorde en egen touchdown, men när han gick in i den fjärde tog Nebraska tillbaka farten och gjorde två mål för att avsluta Cyclones.
Nebraska lät Baylor hoppa på dem för en ledning med 20–17 in i halvleken. Nebraska kom tillbaka från ett underläge i halvtid för första gången sedan 2003, och gjorde 15 poäng i tredje och fjärde kvartalet inklusive en safety och en 9-yard touchdown-fångst av Nate Swift, en fångst som slog Johnny Rodgers rekord för karriärfångster.
Nebraska råkade ut för en offensiv explosion i Norman och låg inom några minuter under med 35–0. Tre omsättningar under första kvartalet dömde Cornhuskers till döds när Oklahoma utnyttjade dem alla. Nebraska kämpade sig igenom omständigheterna för att sätta upp respektabla 28 poäng när Cornhuskers såg ut att omgruppera.
TV-sändare (FSN PPV): Dan McLaughlin (Play-by-play), Matt Davison (Color) & Stacy Paetz (Sideline)
Nebraska lovade att starta en ny säsong på väg in i denna match, en som bestod av tre matcher. Nebraska behövde bara en seger för att bli bowl-kvalificerad och spelade exceptionellt en kylig dag i Lincoln. Nebraska och Kansas gick slag för slag fram till fjärde kvartalet när en 52-yard touchdown som kördes av Roy Helu Jr. och en 2-yard touchdown-fångst av Ndamukong Suh öppnade upp matchen för Nebraska.
Nebraska kände sig självsäker på väg in till Manhattan mot Kansas State, eftersom den lame-duck-tränaren Ron Prince aldrig hade slagit dem, och inte heller hade tidigare Nebraska begått Josh Freeman. Dessutom fick Nebraskas försvar tillbaka sina svarta tröjor för första gången den här säsongen. Nebraska gjorde ett avgörande misstag tidigt genom att tillåta en 57-yard interception retur för en touchdown. Bortsett från det spelet och en lång touchdown-passning av Freeman, spelade Nebraska gnistrande försvar i första halvlek. Kansas State gjorde bara två poäng mer en på en metodisk körning av backup Carson Coffmann och en kickoff-retur av Brandon Banks .
Colorado kom in i den här matchen och kämpade för bowl-kvalificering vid 5–6. Nebraska hade redan säkrat en plats i ett bowl-spel, men en vinst skulle hjälpa till att förbättra vart de skulle vara på väg. Colorado skulle inte ha något av det och tog en tidig ledning med 14–0. Nebraska kom tillbaka med en 24–17-kant och var ute efter att lägga på att gå in i halvleken. På ett falskt field goal-spel var det meningen att innehavaren Jake Wesch skulle vända den över huvudet och kickern Alex Henery var tänkt att fånga den och kasta den, ett spel som gjordes mot Kansas. Den här gången tog Colorados Jimmy Smith bort vändningen i luften och returnerade den 58 yards för att göra oavgjort match. Sent i fjärde kvartalet låg Nebraska efter med 31–30 och hade bollen djupt inne i Buffalos territorium när Patrick Mahnke sparkade Joe Ganz för en 15-yards förlust, och skapade en 4:a och 25:a. Det såg ut som att Nebraska var utanför Alex Henerys plan. målområde med sparken på 57 yards. Bo Pelini skickade ut sin kicker ändå efter att Henery sa till honom att han kunde göra det. Med 1:55 kvar sparkade han 57-yardaren, vilket gav Nebraska ledningen med 33–31. På Colorados nästa drive, avleddes Cody Hawkins passning av Zach Potter och avlyssnas av Ndamukong Suh som styv beväpnade Hawkins och mullrade 30 yards för en touchdown, isande spelet på 40–31 och skickade Colorado hem utan boll. Nebraska avslutade grundserien 8–4 och Big 12 North Co-Division Champions med Missouri.
Nebraska besegrade Clemson i en come-from-behind 26–21 avslutning vid 2009 Gator Bowl den 1 januari 2009. Alla 21 av Clemsons poäng kom efter Nebraskas omsättning. Resultatet förblev i tvivel fram till slutet, eftersom Clemson marscherade från sina egna 23 till Nebraska 10. Med 1:a och mål kvar och cirka två minuter kvar på klockan tog Blackshirts sin ställning, vilket resulterade i en 16-yards spark och tre Clemson ofullständiga passningar för att försegla spelet. Matchen spelades bara några dagar efter att huvudtränaren Bo Pelini och defensiva koordinatorn Carl Pelini återvänt från sin fars begravning i Ohio.
Ryktet för Blackshirts , vars varumärke svarta tröjor tyst försvann under den nedslående säsongen 5–7 (2–6) 2007, återställdes med betoning under 2008 när de eftertraktade svarta tröjorna återigen distribuerades till defensiva startande den 11 november efter en nyckel. känslomässig seger över Kansas Jayhawks .
Säsongen avslutades 1 januari 2009 med en come-from-behind 26–21 Nebraska-seger över Clemson Tigers i 2009 Gator Bowl . Nebraska slutade som co-division Champions i Big 12 North Division, med ett slutrekord på 9–4 (5–3). Huvudtränaren Bo Pelinis totala karriärrekord förbättrades till 10–4 (.714), 5–3 i konferens och 2–0 i bowl-spel. Pelinis ordinarie säsongsrekord 2008 på 9–4 var det högsta bland alla 28 division 1A-lag med nya huvudtränare och staber det året.
