Basebollsäsongen 1999 NCAA Division I, collegebasebollspel i USA organiserat av National Collegiate Athletic Association ( NCAA) började våren 1999. Säsongen fortsatte genom den ordinarie säsongen och avslutades med 1999 College World Series . College World Series, som hölls för femtiotredje gången 1999, bestod av ett lag från var och en av åtta superregionala tävlingar och hölls i Omaha, Nebraska , på Johnny Rosenblatt Stadium som en dubbel-elimineringsturnering. Miami (FL) tog mästerskapet för tredje gången.
Detta är en ofullständig lista över konferensmästare från säsongen 1999. NCAA sponsrade regionala och superregionala tävlingar för att fastställa College World Series-deltagare. Var och en av de sexton regionala bestod av fyra lag som tävlade i dubbel-elimineringsturneringar, där vinnarna gick vidare till åtta bästa av tre Super Regionals. Vinnarna av varje Super Regional gick vidare till Omaha. 29 lag fick automatiska bud genom att vinna sitt konferensmästerskap medan 35 lag fick ett stort urval.
Säsongen 1999 markerade den femtiotredje NCAA-baseballturneringen, som kulminerade med åtta lags College World Series . College World Series hölls i Omaha, Nebraska . De åtta lagen spelade ett dubbel-elimineringsformat, där Miami (FL) tog sitt tredje mästerskap med en 6–5-seger över Florida State i finalen.