Detta är en ofullständig lista över konferensmästare från säsongen 1961. Vart och ett av de åtta geografiska distrikten valde, med olika metoder, laget som skulle representera dem i NCAA-turneringen. 9 lag fick automatiska bud genom att vinna sitt konferensmästerskap medan 16 lag fick ett stort urval.
Säsongen 1961 markerade den femtonde NCAA-baseballturneringen, som kulminerade med åtta lags College World Series . College World Series hölls i Omaha, Nebraska . De åtta lagen spelade ett dubbel-elimineringsformat, där södra Kalifornien tog sitt tredje mästerskap med en 1–0-seger över Oklahoma State i finalen.