Den 20 oktober valdes Abdurrahman Wahid , ordförande för PKB, som slog Megawati Sukarnoputri med 373 röster mot 313, även om hennes parti ( PDI-P ) fick flest röster i parlamentsvalet och hade en tredjedel av parlamentsplatserna. Detta utlöste upplopp bland Megawatis anhängare. Följande dag nominerades Megawati av Gus Durs parti ( PKB ) till vicepresident och blev vald och slog Hamzah Haz från PPP med 396 röster mot 284. Detta avslutade gatuprotesterna.
Detta var det första och sista demokratiskt indirekta presidentvalet i Indonesien och det första presidentvalet som inte innehöll en kandidat från regeringspartiet ( Golkar ).