YkoK ledare
| ykoK-ledare | |
|---|---|
 Förutspådd sekundär struktur och sekvenskonservering av ykoK
| |
| -identifierare | |
| Symbol | ykoK |
| Rfam | RF00380 |
| Övriga uppgifter | |
| RNA -typ | Cis-reg; riboswitch |
| Domän(er) | Bakterie |
| SÅ | SO:0000233 |
| PDB- strukturer | PDBe |
Ykok -ledaren eller M-boxen är en Mg 2+ -avkännande RNA-struktur som kontrollerar uttrycket av magnesiumjontransportproteiner i bakterier. Det är en distinkt struktur för det magnesiumkänsliga RNA-elementet .
Ykok-ledaren beskrevs ursprungligen som en konserverad sekvens med potentiell riboswitchfunktion som finns uppströms om B. subtilis ykoK-genen och gener med relaterade funktioner i andra bakterier. Exempel på den konserverade M-box-RNA-strukturen förekommer uppströms om var och en av de tre huvudfamiljerna av Mg2 + -transportörer (CorA, MgtE och MgtA/MgtB) i olika bakteriearter.
Molekylstrukturen för M-box-exemplet uppströms om B. subtilis ykoK-genen inkluderar sex bundna Mg 2+ -joner. Biokemiska studier indikerar att detta M-Box-RNA komprimeras i närvaro av Mg 2+ och andra tvåvärda joner. Denna vikningsprocess verkar störa en antiterminatorstruktur och därigenom tillåta en transkriptionsterminatorstruktur att bildas. Som förväntat av denna modell B. subtilis -celler uttryck av en nedströms reportergen när de odlas i närvaro av Mg2 + . Därför verkar M-boxen fungera som en genetisk "av"-brytare som är viktig för att upprätthålla Mg 2+ homeostas i bakterier.
![A 3D representation of the Ykok leader. Structure of the M-box riboswitch aptamer domain from Bacillus subtilis.[2]](//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/1/1d/Magnesium_sensor_RNA_pdb-2qbz.png/55px-Magnesium_sensor_RNA_pdb-2qbz.png)
En 3D-representation av Ykok-ledaren. Struktur för M-box riboswitch aptamer-domänen från Bacillus subtilis .
![A 3D representation of the Ykok leader. Structure of the M-box riboswitch aptamer domain from Bacillus subtilis.[2]](https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Magnesium_sensor_RNA_pdb-2qbz.png)