UTOPIA (bioinformatikverktyg)
 UTOPIA-verktyg på en Mac
| |
| Utvecklare |
Steve Pettifer, Terri Attwood , David Parry-Smith, DNPerkins, AW Payne, AD Michie, Phillip W.Lord, JNSelley, Phil McDermott, James Marsh, James Sinnott, Dave Thorne, Benjamin Blundell |
|---|---|
| Skrivet i | C++, Python |
| Operativ system | Linux, Mac och Windows |
| Hemsida | |
UTOPIA ( User-friendly Tools for Operating Informatics Applications ) är en uppsättning kostnadsfria verktyg för att visualisera och analysera bioinformatikdata . Baserat på en ontologidriven datamodell innehåller den applikationer för att visa och anpassa proteinsekvenser , rendera komplexa molekylära strukturer i 3D och för att hitta och använda resurser som webbtjänster och dataobjekt. Det finns två huvudkomponenter, proteinanalyssviten och UTOPIA-dokument.
Utopia Protein Analysis Suite
Utopia Protein Analysis Suite är en samling interaktiva verktyg för att analysera proteinsekvens och proteinstruktur . Längst fram finns användarvänliga och lyhörda visualiseringsapplikationer, bakom kulisserna en sofistikerad modell som låter dessa arbeta tillsammans och döljer mycket av det tråkiga arbetet med att hantera filformat och webbtjänster .
Utopia dokument
Utopia Documents ger ett nytt nytt perspektiv på att läsa den vetenskapliga litteraturen, och kombinerar bekvämligheten och tillförlitligheten i Portable Document Format (pdf) med flexibiliteten och kraften hos webben.
Historia
Mellan 2003 och 2005 finansierades arbetet med UTOPIA via The e-Science North West Center baserat vid University of Manchester av Engineering and Physical Sciences Research Council, Storbritanniens handels- och industridepartement och European Molecular Biology Network (EMBnet) . Sedan 2005 fortsätter arbetet under EMBRACE European Network of Excellence .
UTOPIAs CINEMA (Colour INTEractive Editor for Multiple Alignments), ett verktyg för Sequence Alignment , är den senaste inkarnationen av programvara som ursprungligen utvecklades vid University of Leeds för att underlätta analysen av G-proteinkopplade receptorer (GPCR). SOMAP, en skärmorienterad multipeljusteringsprocedur utvecklades i slutet av 1980-talet på VMS -datoroperativsystemet, använde en monokrom textbaserad VT100 -videoterminal och innehöll kontextkänslig hjälp och rullgardinsmenyer en tid innan dessa var standardfunktioner i operativsystemet.
SOMAP följdes av ett Unix -verktyg som heter VISTAS (VISualizing Structures And Sequences) som inkluderade förmågan att återge 3D-molekylstruktur och generera plotter och statistiska representationer av sekvensegenskaper.
Det första verktyget under CINEMA-bannern som utvecklades vid University of Manchester var en Java -baserad applet som lanserades via webbsidor, som fortfarande är tillgänglig men inte längre underhålls. En fristående Java-version, kallad CINEMA-MX, släpptes också men är inte längre tillgänglig.
En C++- version av CINEMA, kallad CINEMA5, utvecklades tidigt som en del av UTOPIA-projektet och släpptes som en fristående applikation för sekvensanpassning. Det har nu ersatts av en version av verktyget integrerat med UTOPIAs andra visualiseringsapplikationer, och dess namn har helt enkelt återgått till CINEMA.