Transposerbara element i miniatyr med omvänd upprepning

Miniature Inverted-repeat Transposable Elements (MITE) är en grupp av icke-autonoma klass II transposerbara element ( DNA-sekvenser) . Eftersom MITE är icke-autonom kan de inte koda för sin egen transposas. De finns i arvsmassan hos djur, växter, svampar och bakterier. MITEs är i allmänhet korta (50 till 500 bp) element med terminala inverterade upprepningar (TIR; 10–15 bp) och två flankerande målställedupliceringar (TSD). Liksom andra transposoner infogas MITEs huvudsakligen i genrika regioner och detta kan vara en anledning till att de påverkar genuttrycket och spelar viktiga roller för att accelerera eukaryot evolution. Deras höga antal kopior trots små storlekar har varit ett ämne av intresse.

Ursprunget till MITE

En detaljerad studie av MITEs avslöjar att MITE-underfamiljer har uppstått från relaterade autonoma element från ett enda genom och dessa underfamiljer utgör MITE-familjerna. En typ av autonoma element kan ge upphov till en eller flera MITE-familjer.

Klassificering

Baserat på deras relationer i sekvenser av TIR med kända TE-superfamiljer, har MITE klassificerats i vissa familjer. Till exempel, wTourist , Acrobat , Hearthealer är MITE-familjer i vissa växtarter som är under TE-superfamiljen PIF/Harbinger . Stowaway är en MITE-familj i Pisum sativum L. med TSD TA i relation till Tc1/mariner TE-superfamiljen. En grupp av KVALSTER känd som CMITES relaterade till Piggybac superfamiljen hittades i vissa korallarter.

Medan de flesta av MITEs är grupperade, har några av dem ännu inte tilldelats sina TE-superfamiljer. Sådana familjer inkluderar AtATE i Arabidopsis thaliana och Aton -familjen som finns i Aedes aegypti . Förutom detta kommer sannolikt många fler MITE-familjer att upptäckas.

MITE i växtgenom

MITEs upptäcktes först i växter. Element som tillhör CACTA , hAT , Mutator , PIF och Tcl / Mariner har beskrivits. Beroende på likheten mellan deras terminala inverterade upprepningar och målplatsduplikationer är de flesta av MITE:erna i växtgenom uppdelade i två huvudgrupper: turistliknande MITEs (härrörande från PIF ) och Stowaway -liknande MITEs (härrörande från Tcl / mariner ). Skyddspassagerare och turistelement skiljer sig anmärkningsvärt i sina sekvenser men de har visat sig ha betydande strukturella likheter.

Skyddade element har målplatsspecificitet, har liten storlek och bevarad terminal inverterad upprepning. Så är fallet bestämt i Tourist like MITEs. De kan bilda stabila sekundära DNA-strukturer som kan vara mycket användbara för att identifiera dem. Ett fåtal Stowaway- element innehåller också cis-verkande regulatoriska domäner.

Andra MITE-superfamiljer har också beskrivits i växter, såsom hAT -typ MITEs i bananer och nattskyggen.

MITEs som genetiska markörer

Baserat på närvaron eller frånvaron av MITE-familjen Heartbreaker ( Hbr ) i majsgenomet utvecklades en molekylär markör . Dessa Hbr -markörer har visat sig vara stabila, likformigt fördelade i majsgenom. En studie av Casa et al. visade att HBr-markörer kunde användas tillsammans med andra molekylära markörer för att studera genotyp av relaterade inavlade majslinjer

Beräkningshjälp

Programvara som FINDMITE använder sekvensposter av vissa medelstora bp för att identifiera MITE-familjer. Ett MATLAB-baserat program som heter detectMITE kan upptäcka MITEs i genom stor skala och testades på risgenom. Andra som MUST och MITE-Hunter används också för liknande ändamål. För att karakterisera MITE-familjer har en verktygslåda utvecklats kallad MITE Analysis Kit MAK av Yang och Hall.