TimeTree
 | |
| Originalförfattare | S. Blair Hedges, Joel Dudley, Sudhir Kumar |
|---|---|
| Initial release | 2006 |
| Stabil frisättning | v5.0 / 2022 |
| Typ | Bioinformatik |
| Licens | Gratisprogram |
| Hemsida | |
TimeTree är en gratis offentlig databas utvecklad av S. Blair Hedges och Sudhir Kumar, nu vid Temple University , för att presentera tider av divergens i livets träd . (för betydelsen av själva ordet, gå till timetree ). Grundkonceptet har varit att skapa och presentera en gemenskapskonsensus om tidsträd från publicerade studier, och tillåta enkel åtkomst till den informationen på webben eller mobilenheten. Databasen tillåter sökning efter genomsnittliga nodtider mellan två arter eller högre taxa, se en tidslinje ur ett taxon perspektiv, som visar alla avvikelser tillbaka till livets ursprung, och bygga ett tidsträd för ett valt taxon eller användarinlämnad grupp av taxa. TimeTree har använts i offentlig utbildning för att begreppsbilda livets utveckling, till exempel i gymnasiemiljöer. David Attenboroughs Emmy-belönta film- och tv-program Rise of Animals använde Hedges och Kumars cirkulära livstidsträd , genererat från TimeTree-databasen, som ett ramverk för produktionen. Tidsträdet väcktes till liv med hjälp av animerade datorgenererade bilder i scener var tionde minut under den två timmar långa filmen . Den ursprungliga utvecklingen av TimeTree, av Hedges och Kumar, dateras till slutet av 1990-talet, med initialt stöd från NASA Astrobiology Institute . Sedan dess har det fått stöd av ytterligare anslag från NASA och av NSF och NIH . Den nuvarande versionen (v5) släpptes 2022 och innehåller data från 4 075 studier och 137 306 arter.
Funktioner
TimeTree-användare kan söka efter namnen på två arter, såsom katt och hund, för att få medel- och mediantidsuppskattningar för deras divergens, i miljoner år. Resultaten visar också alla individuella tidsuppskattningar, från varje studie, bredvid en geologisk tidsskala, som indikerar geologiska perioder. Olika aspekter av jordens miljö visas bredvid tidsskalan för jämförelse, inklusive jordpåverkan, solens ljusstyrka, koldioxidnivåer och syrenivåer. Separat listar en tabell tidsuppskattningarna, nedladdningsbara som ett kalkylblad, från varje studie tillsammans med referenser och länkar till sammanfattningen av originalartiklarna. Användare kan ladda ner den ursprungliga studiedatan som Newick -formaterade tidsträd för vidare forskning. I tidslinjesökningen skriver användare namnet på en taxon, och alla avvikelser tillbaka till livets ursprung visas med deras taxonnamn, i en vertikal stegliknande figur. Tidspaneler av jordens miljö visas också bredvid den geologiska tidsskalan, som i alla tre sökalternativ. Det tredje sökalternativet, tidsträdssökning , innebär att man bygger ett tidsträd genom att antingen ange ett taxon (grupp)namn eller ladda upp en lista över arter eller andra taxa. Efter att ha angett ett gruppnamn kan användaren välja vilken taxonomisk nivå de föredrar att se. Till exempel, med ett familjegruppsnamn, kan antingen ett tidsträd på artnivå eller släktnivå väljas. Därefter visas tidsträdet och kan matas ut som en Newick- fil eller bild för publicering. Tider på trädet kan utforskas genom att klicka på noder och få tabeller med data som hänför sig till noden. Databasen tillåter också sökning av tidsträdsartiklar efter författarens namn. Hela den öppna boken Timetree of Life presenteras på sajten.
