TIGRFAMs

TIGRFAMs är en databas med proteinfamiljer utformad för att stödja manuell och automatiserad genomannotering . Varje post inkluderar en multipelsekvensjustering och dold Markov-modell (HMM) byggd från justeringen. Sekvenser som poängsätts över de definierade cutoffs för en given TIGRFAMs HMM tilldelas den proteinfamiljen och kan tilldelas motsvarande kommentarer. De flesta modeller beskriver proteinfamiljer som finns i Bakterier och Archaea.

Precis som Pfam använder TIGRFAMs HMMER -paketet skrivet av Sean Eddy.

Historia

TIGRFAMs producerades ursprungligen vid The Institute for Genomic Research (TIGR) och dess efterträdare, J. Craig Venter Institute (JCVI), men det flyttade i april 2018 till National Center for Biotechnology Information (NCBI). TIGRFAMs förblir en medlemsdatabas i InterPro . Den senaste versionen från JCVI, release 15.0, innehöll 4488 modeller. TIGRFAMs fortsätter nu på NCBI som en del av en större samling av HMM, kallade NCBIFAMs, som används i dess RefSeq- och PGAP-genomannoteringspipelines. Aktiv kurering och revidering av TIGRFAMs modeller fortsätter på NCBI, men skapandet av TIGRFAMs modeller i sig har avslutats, eftersom nybyggda HMMs från RefSeq-gruppen får olika beteckningar när de läggs till NCBIFAMs.

externa länkar

• https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/annotation_prok/tigrfams/ - TIGRFAMs hemsida
• https://www.ebi.ac.uk/interpro/ - InterPro hemsida
• https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protfam/?term=TIGRFAM%5Bfilter%5D - TIGRFAMs textsökning på NCBI
• https://ftp.ncbi.nih.gov/hmm/current - FTP-webbplats med de senaste versionerna av TIGRFAMs, som en del av en större samling