SuperPose
| Innehåll | |
|---|---|
| Beskrivning | För superposition av proteinstruktur |
| Kontakt | |
| Forskningscenter | University of Alberta |
| Laboratorium | Dr David Wishart |
| Primärt citat | |
| Utgivningsdatum | 2004 |
| Tillgång | |
| Dataformat |
Datainmatning : PDB-filer med två strukturer som ska överlagras. Datautdata : Sekvensjusteringar, strukturanpassningar, PDB (Protein Data Bank)-koordinater och RMSD-statistik, såväl som differensavståndsdiagram och bilder (både statiska och interaktiva) av de överlagrade molekylerna. |
| Hemsida | http://wishart.biology.ualberta.ca/SuperPose/ |
SuperPose är en fritt tillgänglig webbserver designad för att utföra både parvisa och multipla proteinstruktursuperpositioner . Termen " Strukturell överlagring " hänvisar till de rotationer och översättningar som utförs på en struktur för att få den att matcha eller anpassa sig till en annan struktur eller strukturer. Strukturell överlagring kan kvantifieras antingen i termer av likhet eller skillnadsmått. Den optimala överlagringen är den där likhetsmåttet är maximerat (det förra fallet) eller skillnadsmåttet (det senare fallet) minimeras. Webbservern "SuperPose" använder " RMSD " eller Root-Mean-Square Deviation som ett skillnadsmått för att hitta den optimala parvisa eller multipla proteinstruktursuperpositionen. Efter en initial sekvens och sekundär struktur (vid låg sekvensidentitet) anpassning, genererar SuperPose en Difference Distance (DD) matris från motsvarande C-alfa-atomer av två molekyler. Sekvens/strukturinriktningen och DD-matrisanalysinformationen matas sedan in i en modifierad kvaternionegenvärdesalgoritm för att snabbt utföra den strukturella överlagringen och beräkna RMSD mellan inriktade regioner av två makromolekyler.
Ingång och utgång
SuperPose-webbservern kräver PDB- formaterade filer (av två eller flera proteinstrukturer som ska överlagras) eller deras PDB-accessionsnummer som indata. SuperPose kan hantera både röntgen- och NMR -strukturer. NMR -strukturer består ofta av 20-30 nästan identiska strukturer som måste läggas ovanpå varandra för att skapa ett multistruktur-”blurogram”. För en överlagring av två eller flera strukturer genererar SuperPose sekvensanpassningar , strukturanpassningar , PDB (Protein Data Bank)-koordinater och RMSD -statistik, såväl som skillnadsavståndsdiagram och bilder (både statiska och interaktiva) av de överlagrade molekylerna. Alla överlagrade strukturbilder kan formateras om som trådram eller band, färg eller gråskala, stereo eller mono med hjälp av menyn Output Options. Bakgrundsfärgen på bilderna kan också växlas från svart till vitt.
Allmänt omfattning
SuperPose är mycket flexibel och kan lägga över strukturer som har stora skillnader i sekvens, storlek eller form. Som ett resultat kan den hantera ett mycket större utbud av överlagringsfrågor och situationer än de flesta andra program eller servrar. Speciellt kan SuperPose hantera överlagringar med: (i) identiska sekvenser men något olika strukturer; (ii) identiska sekvenser men mycket olika strukturer (t.ex. öppna och slutna former av kalmodulin); (iii) måttligt olika sekvenser, längder och strukturer; (iv) olika sekvenslängder men liknande strukturer eller sekvenser; och (v) till stor del olika sekvenser men till stor del liknande strukturer. Superpose kan beräkna både parvisa och multipla struktursuperpositioner. Den kan också generera genomsnittliga och parvisa RMSD-värden för alfakol, ryggradsatomer, tunga atomer och alla atomer. Vid identisk sekvensjämförelse genererar SuperPose "per-rest" RMSD- tabeller och plotter som tillåter användare att identifiera, bedöma och se individuella restförskjutningar eller positionsförskjutningar.
Figur
Figur : Skärmdumpbilder av SuperPose-servern som visar olika typer av tillgängliga grafiska och textuella utdata. (a) En WebMol-visare, (b) en MolScript-bild, (c) en parvis justering, (d) en differensavståndsmatris och (e) RMSD-utgången för en parvis överlagring av 2TRX_A och 3TRX_A (Escherichia coli thioredoxin och humant tioredoxin ) visas. Observera att sekvensidentiteten mellan två proteiner är 29 %.