Strukturerad digital abstrakt
A Structured Digital Abstract ( SDA) är en metod för att beskriva relationer mellan biologiska enheter i ett strukturerat, men läsbart, format. Den läggs till under sammanfattningen av vetenskapliga artiklar publicerade i FEBS Letters och FEBS Journal . Aktuella SDAs beskriver protein-protein-interaktioner .
Historia
Många vetenskapliga manuskript beskriver relationer mellan enheter som gener och proteiner . Denna information kan dock inte användas effektivt på grund av svårigheterna att hämta den automatiskt från ostrukturerad text. I ett sexmånaders pilotprojekt som startade i januari 2008 FEBS Letters publicera manuskript med "strukturerade digitala sammanfattningar" (SDA). SDA:erna lades till i slutet av abstracts i ett strukturerat, men läsbart, format och digitalt länkade till interaktionsdatabaser. I pilotprojektet koncentrerade sig tidskriften på interaktioner mellan protein och protein . Efter sex månader utvärderades detta "experiment". Eftersom det var en framgång får alla lämpliga FEBS Letters- manuskript nu en SDA. 2009 började FEBS Journal också publicera manuskript med SDA. SDA-initiativet fortsätter att finansieras av FEBS , en icke-vinstdrivande organisation. De senaste BioCreative -utmaningarna har fokuserat på protein-proteininteraktionsextraktion genom automatisk textutvinning , med hjälp av FEBS Letters och FEBS Journal- artiklar.
Formatera
En SDA består av en serie meningar som var och en innehåller en relation mellan två biologiska enheter, och nämner metoden som används för att studera relationen. För att ge ett förenklat exempel: protein A interagerar med protein B, med metod X. Varje mening i en SDA följs av en eller flera identifierare som pekar på motsvarande databasposter som innehåller alla detaljer i den strukturerade informationen. Även om de flesta meningarna för närvarande pekar på MINT Molecular INTEraction Database , kan den föreslagna strukturen enkelt utökas till att innehålla identifierare från andra databaser som lagrar proteininteraktioner eller olika typer av relationer mellan biologiska enheter. Varje enhet är också länkad till lämplig förklarande databas. t.ex. UniProtKB för proteiner och European Bioinformatics Institutes ontologisökningstjänst för andra enheter.