NBA-säsongen 1999–2000 var 76ers 51:a säsong i National Basketball Association och 37:e säsongen i Philadelphia . Under lågsäsongen förvärvade Sixers Billy Owens från Orlando Magic och tecknade den frie agenten Bruce Bowen . Laget ersatte också centern Matt Geiger i lineupen med powerforwarden Tyrone Hill . Sixers förlorade sina tre första matcher och fick en start med 11–12, då Allen Iverson missade 12 matcher på grund av en bruten tumme. Laget spelade dock över 0,500 allt eftersom säsongen fortskred och hade ett rekord på 27–22 vid All-Star-uppehållet. Vid mellansäsong bytte laget Owens och andraårsgarden Larry Hughes till Golden State Warriors och Bowen till Chicago Bulls i utbyte mot Toni Kukoč i en trelagsaffär. Bowen spelade dock aldrig för Bulls och släpptes till fri byrå och skrev på med Miami Heat . Sixers postade en 7-match vinstsvit i mars och vann sju av sina sista nio matcher. Laget slutade trea i Atlantic Division med ett rekord på 49–33.
Iverson fick i snitt 28,4 poäng, 4,7 assist och 2,1 steals per match, och utsågs till All-NBA Second Team och gjorde sitt första All-Star-framträdande när han valdes till 2000 NBA All-Star Game i Oakland . Han slutade också på sjunde plats i omröstningen om mest värdefulla spelare . Dessutom snittade Hill 12,0 poäng och 9,2 returer per match, medan Theo Ratliff gav laget 11,9 poäng, 7,6 returer och 3,0 block per match, men spelade bara 57 matcher på grund av en stressfraktur i vänster fotled, försåg George Lynch med 9,6 poäng, 7,8 returer och 1,6 steals per match, och Eric Snow bidrog med 7,9 poäng, 7,6 assist och 1,7 steals per match. Från bänken hade Geiger i snitt 9,7 poäng och 6,0 returer per match, och Aaron McKie bidrog med 8,0 poäng och 1,3 steals per match.
I Eastern Conferences första omgång av slutspelet besegrade Sixers den 4:e-seedade Charlotte Hornets på fyra matcher. I semifinalerna i Eastern Conference ställdes de mot toppseedade Indiana Pacers , som svepte dem i den andra omgången av slutspelet förra året. Pacers skulle besegra Sixers på sex matcher för att gå vidare till Eastern Conference Finals för femte gången på sju år, sedan till NBA-finalen för första gången, där de förlorade på sex matcher mot Los Angeles Lakers .
För säsongen lade Sixers till nya blå alternativa väguniformer, som förblev i bruk fram till 2006.