BBL-säsongen 1999–2000 , var känd som Dairylea Dunkers Championship av sponsringsskäl, den ordinarie säsongen började den 15 september 1999 och slutade den 8 april 2000, med totalt 13 lag som tävlade. För första gången i ligans historia delades de 13 lagen upp i två geografiskt uppdelade konferenser, sju i norr och sex i söder, med norra lag som spelade 36 matcher och sydliga lag som spelade 34 matcher vardera. Säsongen dominerades av framgångarna med Manchester Giants , som erövrade Northern Conference och Championship-slutspelet, medan London Towers vann i Southern Conference och uni-ball Trophy . Sheffield Sharks var också framgångsrika i att försvara sin Sainsbury's Classic Cola National Cup .
London Towers var med i den europeiska tävlingen och deltog i Saporta Cup , men med ett rekord på 3-7 slutade de i botten av grupp G och misslyckades därmed att ta sig längre än gruppspelet. Rivalerna från andra städer, Greater London Leopards, gjorde också ett kort framträdande i Korać Cup, men efter en sammanlagd nederlag på 155-189 mot ÍRB Reykjanesbær i den preliminära omgången, var deras första inhopp i Europa bara en cameo.
Southern All-Stars slog sina nordliga rivaler i det elfte årliga All-Star-spelet med en seger med 177-180, det närmaste resultatet i ligans historia. Det var den 7:e totala vinsten i södra mot norr som vann 5 matcher sedan All-Star-spelets start 1989.