The Confederation of African Rugby tilldelades en plats i Rugby World Cup 1999 genom direkt kvalificering (Afrika 1) och en plats i repechage-turneringen. Detta var ett tillägg till den automatiska kvalplatsen som beviljades Sydafrika som mästare i 1995 års turnering.
Nio lag deltog i kvalturneringen för Afrika som hölls i fyra etapper. De två första etapperna (omgångarna 1 och 2) spelades 1997 och de två sista etapperna (omgångarna 3 och 4) spelades 1998.
De tre lägst rankade lagen spelade en enkel round robin-turnering (lottad för hemma eller borta), med toppplacerade lag som gick vidare till nästa omgång och de andra två lagen hoppade av. Omgångarna två och tre spelades på ett liknande sätt – de tre lägst rankade återstående sidorna (dvs. vinnaren av föregående omgång och de nästkommande två lägst rankade lagen) spelade en singel round robin-turnering (lottad för hemma eller borta).
Slutsteget ändrade mönstret genom att de två bästa lagen från omgång tre gick vidare till omgång fyra, och alla matcher spelades i Rabat, Marocko. En enkel round robin för fyra lag spelades och Namibia säkrade (Afrika 1) kvalificeringen till RWC 1999 som den högst placerade sidan, med Marocko på andra plats som gick vidare till repechage.