Ribosomal intergenisk spaceranalys

Ribosomalt RNA ( rRNA ) intergenic spacer-analys ( RISA ) är en metod för mikrobiell gemenskapsanalys som ger ett sätt att jämföra olika miljöer eller behandlingseffekter utan den fördom som odlingsberoende tillvägagångssätt innebär. RISA involverar PCR- amplifiering av en region av rRNA- genoperonet mellan de små ( 16S ) och stora ( 23S ) subenheterna som kallas den intergeniska spacerregionen ISR.

Genom att använda oligonukleotidprimrar riktade mot konserverade regioner i 16S- och 23S-generna, kan RISA-fragment genereras från de flesta av de dominerande bakterierna i ett miljöprov. Medan majoriteten av rRNA-operonen har en strukturell funktion, kan delar av den intergena regionen 16S-23S koda för tRNA beroende på bakteriearten. Det taxonomiska värdet av ISR ligger emellertid i den betydande heterogeniteten i både längd och nukleotidsekvens. I RISA försöker vi utnyttja längdheterogeniteten hos ISR, som har visat sig variera mellan 150 och 1500 bp med majoriteten av ISR-längderna mellan 150 och 500 bp.

Den resulterande PCR-produkten kommer att vara en blandning av fragment från flera dominerande gemenskapsmedlemmar. Denna produkt underkastas elektrofores i en polyakrylamidgel och DNA:t visualiseras efter färgning. Resultatet är ett komplext bandmönster som ger en gemenskapsspecifik profil, där varje DNA-band motsvarar en bakteriepopulation på den ursprungliga samlingen.