Vaprus bildades i maj 1922, som Sporting Society Vaprus. Bland andra sporter tävlade Vaprus i de lokala Pärnu fotbollsmästerskapen och vann 1927 och 1934. 1937 slogs Vaprus samman med flera andra lokala idrottsklubbar för att bilda Pärnu Kalev.
Klubben återupprättades 1999 som ett amatörlag som spelar i de lägre ligorna. 2003 slogs flera lokala klubbar samman med Vaprus, inklusive den tidigare högsta ligaklubben Pärnu Levadia, och bildade en fungerande fotbollsklubb.
2010 bildade Vaprus ett enat lag Pärnu Linnameeskond med Pärnu JK och Pärnu Kalev. Vaprus själv fortsatte att endast verka inom ungdomsfotboll fram till 2014, då de gick in i sitt seniorlag till estniska lägre ligor. Pärnu Linnameeskond nådde estnisk toppklass 2015 , men bröt upp efter två säsonger med Pärnu Vaprus som ärvde sin ligaplats för 2017 .
Pärnu Rannastadion
Efter åtta års frånvaro återvände Vaprus till toppfotbollen och flyttade till det nyrenoverade 1 501 sittplatser Pärnu Rannastaadion. Klubben avslutade säsongen på sista plats, men lyckades undvika nedflyttning på grund av Sillamäe Kalevs konkurs. Pärnu Vaprus degraderades efter säsongen 2018 . Vaprus vann Esiliiga 2020 och återvände till Meistriliiga, där de återigen slutade sist under säsongen 2021 . Klubben undvek dock återigen nedflyttning på grund av att Viljandi Tulevik lämnade toppfotbollen av ekonomiska skäl. Pärnu Vaprus avslutade säsongen 2022 på 10:e plats, men undvek återigen nedflyttning på grund av att TJK Legion lämnade toppfotbollen för ekonomiska svårigheter.
Raino Lapp (17)