Nikos Kyrpides

Nikos Kyrpides
Νίκος X. Κυρπίδης
Född	11 november 1963 Serres, Grekland
Alma mater	Aristoteles universitet i Thessaloniki
Känd för	Mikrobiell genomik, metagenomik, mikrobiom datavetenskap
Vetenskaplig karriär
Fält	Bioinformatik, mikrobiologi, beräkningsbiologi, datavetenskap
institutioner	Joint Genome Institute
Akademiska rådgivare	Carl Woese , Ross Overbeek
Hemsida	https://jgi.doe.gov/our-science/scientists-jgi/nikos-kyrpides/

Nikos Kyrpides (grekiska: Νίκος Κυρπίδης) är en grekisk-amerikansk biovetare som har arbetat med livets ursprung , informationsbehandling , bioinformatik , mikrobiologi , metagenomik och mikrobiomdatavetenskap . Han är senior forskare vid Berkeley National Laboratory , chef för Prokaryote Super Program och leder programmet Microbiome Data Science vid US Department of Energy Joint Genome Institute .

Utbildning

Kyrpides föddes i Serres , Grekland , där han studerade biologi vid Aristoteles universitet i Thessaloniki och doktorerade i molekylärbiologi och bioteknik från universitetet på Kreta . Han fortsatte postdoktorala studier i mikrobiologi med Carl Woese vid University of Illinois i Urbana-Champaign och i bioinformatik med Ross Overbeek vid Argonne National Laboratory . Från 1999 till 2004 arbetade Kyrpides inom bioteknikindustrin i Chicago , där han ledde utvecklingen av genomanalys och bioinformatik. Han började på United States Department of Energy Joint Genome Institute (JGI) 2004 för att leda Genome Biology Program och utveckla datahanterings- och jämförande analysplattformar för mikrobiella genom och metagenom. Kyrpides blev chef för Metagenomics Program 2010 och grundade Prokaryotic Super Program 2011, som han fortfarande leder med Microbiome Data Science Group.

Forskning

Kyrpides tidiga arbete fokuserade på ursprunget och utvecklingen av den genetiska koden . I samarbete med Christos Ouzounis utvecklade han en serie hypoteser för överföring av information från proteiner till nukleinsyror som kallas omvänd tolkning. Med tillkomsten av genomik vände Kyrpides sitt intresse till att studera och förstå den sista universella gemensamma förfadern . Med Ouzounis myntade han akronymen "LUCA" vid en konferens som anordnades av Patrick Forterre i Les Treilles, Frankrike, och utförde några av de första jämförande genomanalyserna för att förutsäga geninnehållet i LUCA. Kyrpides arbete med informationsbehandlingssystem avslöjade flera tidigare oanade samband, vilket tyder på nya modeller för utvecklingen av dessa processer. Han identifierade tidigare oupptäckta relationer mellan det eukaryota och bakteriella översättningsmaskineriet, vilket tyder på att grunderna för translationsinitiering skulle ha funnits på det universella förfaderstadiet. Kyrpides arbete med utvecklingen av transkription bidrog till att förändra förståelsen av arten och organisationen av arkeala transkriptionsmaskineri, vilket (vid den tiden) var att transkriptionen i Archaea var strikt lik den i eukaryoter. Kyrpides och Ouzounis visade den parallella förekomsten av ett stort antal transkriptionsfaktorer av bakterietyp i arkeala genom.

Han ledde utvecklingen av flera banbrytande datahanteringssystem inom mikrobiell genomik och metagenomik, som används flitigt i det vetenskapliga samfundet (med flera tusen användare över hela världen). Dessa inkluderar system för datahantering och kuration av genomprojekt och deras tillhörande metadata, såsom Genomes OnLine Database (GOLD), och jämförande genomiksystem som ERGO och de integrerade mikrobiella genomen (IMG).

Kyrpides nuvarande forskning fokuserar på mikrobiomforskning , med tonvikt på mikrobiomdatavetenskap. Detta inkluderar förståelsen av struktur och funktion hos olika mikroorganismer och mikrobiella samhällen och klarläggandet av den evolutionära dynamiken som formar de mikrobiella genomen. För att åstadkomma det utvecklar hans grupp nya metoder för att möjliggöra storskalig jämförande analys och gruvdrift och visualisering av big data . Han föreslog och publicerade den första studien om användningen av standard benchmarkingdata för utvärdering av metodnoggrannhet i metagenomik. Detta tillvägagångssätt har blivit standarden på området. Några av Kyrpides senaste forskning inom mikrobiomdatavetenskap inkluderar utforskningen av jordens virom , identifieringen av nya bakteriefylor, förutsägelse av nya veck med hjälp av metagenomiska sekvenser, och karakteriseringen av nya proteinfamiljer från mikrobiomdata.

Internationella initiativ

Kyrpides startade initiativet MikroBioKosmos (MBK) i Grekland 2007, med målet att utforska och kommersiellt använda mikrobiella nationella resurser. MikroBioKosmos blev ett vetenskapligt sällskap, med Kyrpides sin första president. Han är en av grundarna av två bioinformatikföreningar i Grekland: Hellenic Society of Computational Biology and Bioinformatics (HSCBB) 2010 och Hellenic Bioinformatics 2016. Kyrpides är också styrelseledamot i det internationella Genomic Standards Consortium (GSC), som syftar till att möjliggör integrering, upptäckt och jämförelse av genomisk data med internationella, community-drivna standarder.

Han påbörjade projektet Genomic Encyclopedia of Bacteria and Archaea (GEBA) vid JGI och Microbial Earth Project med Hans-Peter Klenk, Philip Hugenholtz och Jonathan Eisen 2007, med målet att förbättra genomkarakteriseringen av fylogenetiskt mångfaldiga odlade mikrober. Det senare projektet utvecklades till en internationell ansträngning för att sekvensera alla typer av bakteriestammar och archaea, genom en serie GEBA 1 000-genomprojekt. Den snabba tillväxten av mikrobiella genomsekvenser i slutet av 2010, utan en parallell plats för att beskriva dessa projekt på ett standardiserat sätt, ledde till behovet av ett nytt vetenskapligt forum som skulle vara ett clearinghus för att fånga och presentera denna information för samhället. Denna idé ledde till att Kyrpides, George Garrity och Dawn Field lanserade en ny vetenskaplig tidskrift: Standards in Genomic Sciences (SIGS), som blev en del av BioMed Central .

Kyrpides föreslog utvecklingen av en Microbial Environmental Genomics Administration 2009, analogt med NASA , för studier och utforskning av det mest rikliga livet på planeten. 2016, efter den enorma tillväxten av mikrobiomdata, beskrev han behovet av en gemensam infrastruktur för mikrobiomdataanalys och föreslog utvecklingen av ett National Microbiome Data Center (NMDC), senare omdöpt till National Microbiome Data Collaborative. Med Emiley Eloe-Fadrosh organiserade Kyrpides den första NMDC-workshopen för att lansera detta initiativ på Joint Genome Institute. Detta följdes av ytterligare workshops under 2017 med American Society for Microbiology som värd för att främja initiativet.

Utmärkelser och utmärkelser

Kyrpides har fått flera utmärkelser, inklusive 2018 års USFCC/J. Roger Porter Award från American Society for Microbiology , 2014 van Niel International Prize for Studies in Bacterial Systematics från International Union of Microbiological Societies (IUMS), en 2007 utmärkelse för enastående prestanda från Lawrence Berkeley National Laboratory och 2012 Academic Excellence Pris från Empirikion Foundation. Han är en vald fellow vid American Academy of Microbiology (AAM) (2014), och har funnits på Thomson Reuters lista över världens mest citerade vetenskapsmän sedan 2014. Ett bakteriesläkte ( Kyrpidia ) fick sitt namn efter Kyrpides 2011. 2017 mottog han en hedersdoktor vid Aristoteles universitet i Thessaloniki .