Molecular Modeling Toolkit
| Originalförfattare | Konrad Hinsen |
|---|---|
| Initial release | 4 januari 2000 |
| Stabil frisättning | 2.7.4 / 28 april 2011
|
| Skrivet i | Python , C |
| Operativ system | Cross-plattform |
| Typ | Bioinformatik |
| Hemsida |
Molecular Modeling Toolkit ( MMTK ) är ett mjukvarupaket med öppen källkod skrivet i Python , som utför vanliga uppgifter inom molekylär modellering .
Molecular Modeling Toolkit är ett bibliotek som implementerar vanliga molekylära simuleringstekniker, med tonvikt på biomolekylära simuleringar. Den använder modern mjukvaruteknik (objektorienterad design, ett språk på hög nivå) för att övervinna begränsningar förknippade med de stora monolitiska simuleringsprogram som vanligtvis används för biomolekyler. Dess främsta fördelar är (1) enkel utbyggnad och kombination med andra bibliotek tack vare modulär biblioteksdesign, (2) ett enda högnivå-allmänt programmeringsspråk (Python) används för biblioteksimplementering såväl som för applikationsskript, (3 ) användning av dokumenterade och maskinoberoende format för alla datafiler, och (4) gränssnitt till andra simulerings- och visualiseringsprogram.
— Konrad Hinsen, The Molecular Modeling Toolkit: A New Approach to Molecular Simulations
Den 28 april 2011 består MMTK av cirka 18 000 rader Python-kod, 12 000 rader handskriven C-kod och en del maskingenererad C-kod.
Funktioner
- konstruktion av molekylära system, med särskilt stöd för proteiner och nukleinsyror
- oändliga system eller periodiska randvillkor (ortorombiska elementära celler)
- vanliga geometriska operationer på koordinater
- styv kropp passar
- visualisering med hjälp av externa PDB- och VRML-visare; animering av dynamikbanor och normala lägen
- kraftfältet AMBER 94, med flera alternativ för att hantera elektrostatiska interaktioner
- ett deformationskraftfält för snabba normalmodsberäkningar på proteiner
- energiminimering (brantaste nedstigning och konjugerad gradient)
- molekylär dynamik (med valfri termostat, barostat och avståndsbegränsningar)
- normallägesanalys
- banoperationer
- punktladdning passar
- molekylära ytberäkningar
- gränssnitt till andra program
Se även
externa länkar