Malaysia tävlade i Asian Youth Games 2009 som hölls i Singapore från 29 juni till 7 juli 2009. På grund av resebegränsningar orsakade av H1N1-utbrottet begränsade Malaysia deltagandet till endast två sporter; fotboll och segling. Men fotbollslaget är inte berättigat till den andra omgången och hade återvänt till Malaysia innan matcherna började. Två sjömän, Muhamad Amirul Shafig Jais och Khairunneeta Mohd Afendy blev kvar i Singapore för att delta i Byte CII för pojkar och flickor under 14 år. Muhamad Amirul Shafig Jais har vunnit en bronsmedalj i Boys' Byte CII-event medan Khairunneeta Mohd Afendy slutade på fjärde plats i Girls' Byte CII. Chef de Mission för spelen var Marina Chin, rektor för Sekolah Sukan Bukit Jalil. Hon deltog dock inte i spelen på grund av att den malaysiska kontingenten drog sig tillbaka