LONI Pipeline

LONI Pipeline
Utvecklare Samuel Hobel
Stabil frisättning
7.0.3 / 3 mars 2020 ( 2020-03-03 )
Skrivet i Java
Operativ system Linux , Mac OS X , Microsoft Windows
Typ Vetenskapligt arbetsflödessystem , miljöer för bearbetning av arbetsflöden
Licens LONI-licens
Hemsida pipeline .loni .usc .edu

LONI Pipeline är ett gratis distribuerat system för att designa, utföra, övervaka och dela vetenskapliga arbetsflöden på grid-beräkningsarkitekturer . Pipeline tillåter användare att ansluta och köra valfritt antal olika mjukvaruverktyg och bekvämt visualisera och ladda ner resultaten.

Till skillnad från andra miljöer för bearbetning av arbetsflöden kräver Pipeline inga nya verktyg och tjänster för att inkludera eller byggas mot kärnbiblioteken i Pipeline. Pipeline-miljön refererar till alla data, tjänster och verktyg som externa objekt. Detta gör att Pipeline kan köras som en lätt mellanvara, men samtidigt begränsa omfattningen av dess applikationer. Till exempel tillhandahåller Pipeline inte en uppsättning interna kärnbibliotek, filter och processer för rudimentär bildbehandling (t.ex. bildtillägg). Alla verktyg som behövs för att slutföra ett analysprotokoll måste först byggas som externa fristående applikationer eller tjänster, vars gränssnittsmetoder sedan beskrivs i Pipeline XML-språket. Användare kan ansluta till LONI Cranium-servern för att få snabb åtkomst till ett brett utbud av förbyggda mjukvaruapplikationer, såsom FSL , AFNI , och FreeSurfer som redan beskrivs i XML som moduler och arbetsflöden. Pipeline låter användare skapa nya arbetsflödesbeskrivningar, redigera befintliga och dela sitt arbete med andra.

Typiska pipeline-serverinstallationer inkluderar en svit av kärnresurser som är tillgängliga för alla användare med åtkomst till den specifika servern, men olika servrar kommer att ha olika sviter med standardmodul- och modulgruppdefinitioner (pipeline). Den tidigare utgåvan (version 5) av LONI Pipeline tillhandahöll en mekanism för att integrera heterogen och inkongruent data inklusive bilder, kliniska diagram och demografiska metadata.

LONI Pipeline har hundratals användare inom en mängd olika områden (t.ex. genomik, neuro-imaging och biomedicinsk informatik ) från akademiska institutioner runt om i världen.

Funktioner

Pipeline har plattformsoberoende kompatibilitet och möjligheten att ansluta från din lokala klient till en fjärrserver för att utföra bearbetning och analys på andra operativsystem.

Pipeline ger utvecklare möjlighet att skapa sina egna plugins för att kommunicera med olika nätförvaltare. Standard Pipeline-paketet inkluderar JGDIPlugin och DRMAAPlugin-pluginerna skapade för Sun Grid Engine men de kan fungera med Oracle Grid Engine, Univa Grid Engine eller Son of Grid Engine. Båda plugin-programmen är inrymda under gridplugins-katalogen som är förälder under dist-katalogen i det installerade paketet av Pipeline. Alla ytterligare plugins du vill använda kan laddas ner separat.

Pipeline Library ger användare tillgång till hundratals fördefinierade neuroimaginglösningar, inklusive data, moduler och arbetsflöden som uppdateras regelbundet.

Andra integrerade funktioner i LONI Pipeline är:

  • Distribuerad klient-server och plattformsognostisk beräkningsinfrastruktur
  • Pålitlig, asynkron och säker databehandling
  • Automatisk och intelligent konvertering av dataformat
  • Lokal och fjärransluten filläsare
  • Bildbehandlings- och metadatabearbetningsmoduler
  • Villkors- och itererande moduler
  • Ett detaljerat parameteromvandlingssystem
  • Starta klienten från webbläsaren via Pipeline Web Start

Utvecklare

Närvarande:

  • Samuel Hobel

Dåtid:

  • Denis Trotckii
  • David Rex
  • Michael Pan
  • Celia Cheung
  • Kamen Lozev
  • Jia-Wei Tam
  • Zhizhong Liu
  • Wei Yan
  • Petros Petrosyan
  • Arash Payan
  • Ivo Dinov

Se även

  1. ^ Rex, DE, Ma, JQ och Toga, AW (2003). "LONI Pipeline Processing Environment." Neuroimage, 19(3), 1033-48.
  2. ^ Rex, DE, Shattuck, DW, Woods, RP, Narr, KL, Luders, E., Rehm, K., Stolzner, SE, Rottenberg, DE, och Toga, AW (2004). "En metaalgoritm för hjärnextraktion i MRI." NeuroImage, 23(2), 625–637
  3. ^ Dinov ID, Lozev K, Petrosyan P, Liu Z, Eggert P, Pierce, J, Zamanyan, A, Chakrapani, S, Van Horn, JD, Parker, DS, Magsipoc, R, Leung, K, Gutman, B, Woods , RP, Toga, AW. (2010). "Neuroimaging Study Designs, Computational Analyses and Data Provenance med LONI Pipeline." PLoS ONE 5(9): e13070. doi : 10.1371/journal.pone.0013070 .
  4. ^ Torri, F., Dinov, ID, Zamanyan, A, Hobel, S, Genco, A, Petrosyan, P, Clark, AP, Liu, Z, Eggert, P, Pierce, J, Knowles, JA, Ames, J, Kesselman, C, Toga, AW, Potkin, SG, Vawter, MP, Macciardi, F. (2012) Next Generation Sequence Analysis and Computational Genomics Using Graphical Pipeline Workflows, Genes, 3(3):545-575; doi:10.3390/genes3030545.
  5. ^ Woo MS, Dinov, ID, Hobel, S, Zamanyan, A, Choi, YC, Thompson, PM, Toga, AW och Alzheimers Neuroimaging Initiative (ADNI) (2015) Strukturella hjärnförändringar hos patienter med tidig Alzheimers sjukdom med hjälp av LONI Pipeline Environment. Journal of Neuroimaging., i press. DOI: 10.1111/jon.12252
  6. ^ Toga, WA, Dinov, ID. (2015) Dela stora biomedicinska data. Journal of Big Data., 2(7):1-12. DOI: 10.1186/s40537-015-0016-1.

externa länkar

Hämtad från " https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=LONI_Pipeline&oldid=1017749854 "