LOC105377021
| LOC105377021 | |
|---|---|
| Identifierare | |
| Symbol | UNQ6490, PRO21339, (LOC389102, YPLR6490) |
LOC105377021 är ett protein som hos människor kodas av LOC105377021- genen . LOC105377021 uppvisar uttryckspatologi relaterad till bröstcancer, speciellt trippelnegativ bröstcancer . LOC105377021 innehåller en serinrik region förutom förutspådda alfahelixmotiv.
Gen och mRNA
LOC105377021 lokaliseras till Homo sapiens kromosom 3 (3p2; antisenssträng), ungefärligen till läsramen för TRIM71. Motsvarande gen har 2 473 nukleotider . Det finns en exon i LOC105377021p mRNA. Det finns ingen förutspådd alternativ splitsning på NCBI-gendatabasen.
Protein
Protein primär struktur
Figuren nedan visar den grundläggande primära proteinstrukturen, med N-terminal och C-terminal i sina respektive kommentarer. Den orange domänen är en förutsagd nukleär lokaliseringssekvens , medan den blå domänen är resten av LOC105377021 exonen.
| Antal aminosyror | Beräknad isoelektrisk punkt | Beräknad molekylvikt | Konkurrenskraftig upprepningsenhet | Överrepresenterade aminosyror |
|---|---|---|---|---|
| 168 | 11.438 | 18,2 kdal | RARP | Ingen |
Protein sekundär struktur
Enligt Ali2D (en strukturell prediktor för multipelsekvensanpassning för proteiner) förutspås LOC105377021 bilda mestadels alfahelix (se röd markering, blå markering är för Beta Sheet ).
Protein tertiär struktur
LOC105377021 har en framträdande, C-terminal upprepning av serinrester, potentiellt för disulfidbindning . En disulfidbindning (139-148) förutspåddes av DISULFIDE-mjukvaran. Dessutom visar I TASSER-profilen flera alfaspiraler i en mängd olika färger, förutom potentiella svängmotiv (se I TASSER 3D-förutsägelse av LOC105377021).
Proteinmodifieringar och lokalisering
En förutspådd proteinmodifiering av LOC105377021 är fosforylering , med ställen i hela proteinet, inklusive den serinrika konstruktionen nära proteinets C-terminal. Dessutom finns det förutspådda bevis för O-länkade β-N-acetylglukosamintillskott i den C-terminala regionen. Det finns förutspådda bevis för en nukleär lokaliseringssekvens orienterad vid N-terminalen, tillhandahållen av PSORT med partiellt stöd av PHOBIUS-mjukvara.
Microarray uttrycksmönster och patologi
Grundläggande uttryck och bröstcancer
Jämfört med det genomsnittliga uttrycket av humant protein uttrycks LOC105377021 till 0,9 %, vilket klassificeras som lågt. Hos människor: kranial-, tarm-, äggstocks-, njur- och testikelvävnader bekräftar denna trend.
Microarray- data visar uttrycket av LOC105377021 i vissa bröstcancervävnader, inklusive metastaser till lymf- och lungvävnad. Det finns potentiella bevis för högre uttryck av LOC105377021 under trippelnegativ bröstcancer, vilket överskuggar normala sekretionsnivåer för nämnda protein. Bilden nedan visar en potentiell trendlinje för detta mönster (visas i grönt, med den trippelnegativa mikroarrayen till vänster). Som figurförklaringen anger hänvisar de röda staplarna till den vänstra axeln för provräkning, medan de blå prickarna visar procentandelen av LOC105377021-uttryck inom varje prov (den högra axeln).
Detta foto är med tillstånd av NCBI Geo Profiles Accession GDS4069.
Hjärnvävnadsuttryck
Sju viktiga hjärnvävnader uttrycker LOC105377021 enligt en Allen Brain Atlas-prob. Den temporalloben , parietalloben , cingulate gyrus , parahippocampal gyrus och insula är fem övergripande regioner av de sju hjärnvävnaderna där uttrycket framhävdes. De kommenterade siffrorna nedan fungerar som ganska holistiska representationer av kranialt uttryck i samband med LOC105377021. Ljusblåskuggade områden ger ett tätare uttryck av LOC105377021, där mörkare grönt och ljusare rött visar mindre respektive minst mängder uttryck. Alla sju uttrycksområden, inklusive den mellersta temporala gyrusen , den korta insulära gyrusen, den postcentrala gyrusen , den cingulate gyrusen , den inferior temporala gyrusen , den parahippocampala gyrusen och den överlägsna temporala gyrusen är avbildade i Allen Brain Atlas-profiler nedan.
Dessa bilder är med tillstånd av Allen Brain Atlas.
Evolutionära relationer och homologi
Ortologer
Basic Local Alignment Sequence Tool ( BLAST ) visar att LOC105377021 ortologer till stor del är homogena och däggdjur. Viktiga ortologer sammanfattas i tre kategorier: primater, vattenlevande däggdjur och illrar/illerliknande djur. Pongo abelii och Tursiops truncatus är de mest avlägsna respektive besläktade ortologerna. Floddelfinen är den första ortologen som lossnar från kohorten med 80 % plus likhet . Följande inkluderar en lista över utvalda ortologer som hittats:
| Vanligt namn | Genus arter | NCBI-accessionsnummer | % likhet | % identitet | Proteinlängd (i aminosyror) | Ortologiska alias |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Mänsklig | Homo sapiens | XP_011532636.1 | 100 | 100 | 168 | LOC389102, YPLR6490, UNQ6490, PRO21339 |
| Sumatran orangutang | Pongo abelii | XP_002814002.1 | 98 | 98 | 170 | LOC100446670 |
| Ekorreapa | Saimiri boliviensis boliviensis | XP_010339850.1 | 96 | 96 | 167 | LOC101034964 |
| Gyllene snubbnäsapa | Rhinopithecus roxellana | XP_010352756.1 | 96 | 95 | 170 | LOC104655070 |
| Oliv babian | Papio anubis | XP_003895275.1 | 96 | 95 | 170 | LOC101001601 |
| Angolansk svartvit colobus | Colobus angolensis palliatus | XP_011816934.1 | 95 | 92 | 171 | LOC105525785 |
| Muslemur | Microbus murinus | XP_012624670.1 | 93 | 92 | 169 | LOC105873906 |
| Norra större galago | Otolemur garnettii | XP_012661211.1 | 89 | 87 | 167 | LOC100965366 |
| Sunda Flying Lemur | Galeopterus variegatus | XP_008581853 | 87 | 86 | 151 | LOC103599484 |
| Späckhuggare | Orcinus späckhuggare | XP_004279764.1 | 82 | 80 | 282 | SEC31 |
| Kaskelot | Physeter katodon | XP_007125317.1 | 82 | 80 | 230 | LOC10299578 |
| Baiji | Litotes vexillifer | XP_007464989.1 | 78 | 76 | 217 | LOC103081437 |
| Stjärn-Nosed Mullvad | Condylura cristata | XP_012590632.1 | 77 | 74 | 162 | LOC101633309 |
| Aardvark | Orycteropus afer afer | XP_007946855.1 | 76 | 71 | 186 | LOC103203593 |
| Cape Elephant Shrew | Elephantulus edwardii | XP_006890725.1 | 71 | 67 | 225 | LOC102845592 |
| Cape Golden Mole | Chrysochloris asiatica | XP_006859232.1 | 69 | 66 | 264 | LOC102816436 |
| Bakterisk kamel | Kamel bactrianus | XP_010958002.1 | 54 | 54 | 126 | LOC105072685 |
| Vanlig flaskdelfin | Tursiops truncatus | XP_004315393.1 | 50 | 46 | 166 | LOC101335194 |
Evolutionens takt
Utvecklingstakten för LOC105377021 vid dess tillkomst (hos människor) är modellerad att vara långsam. Denna hastighet är relativt till cytokrom c 6A1 och alfafibrinogen med korrigerade divergensmetoder.
Den korrigerade divergensgrafen ovan visar tre linjer: Alpha Fibrinogen i rött, LOC Ortholog (alias LOC105377021) i blått och Cytochrome c 6A1 i grönt. Dessa linjer associerar med evolutionär takt i LOC105377021, som testats med en genomisk analys av korrigerad divergens.
Enkelnukleotidpolymorfier
Följande diagram visar enkelnukleotidpolymorfismer (SNP) i olika regioner av proteinet. SNP är markerade grönt, med SNP-kodning till höger som kodar för switchar i aminosyror.
| Polymorfism | Kemisk natur före polymorfism | Kemisk natur efter polymorfism |
|---|---|---|
| G7R | Icke polär | Grundläggande |
| R8L,P | Grundläggande | Icke polär |
| L25F | Icke polär | Icke polär |
| L29F | Icke polär | Icke polär |
| A34P | Icke polär | Icke polär |
| L51F | Icke polär | Icke polär |
| P54R | Icke polär | Grundläggande |
| H96R | Grundläggande | Grundläggande |
| L97H | Icke polär | Grundläggande |
| G128R | Icke polär | Grundläggande |
| S157F | Polär | Icke polär |
| Y163F | Polär | Icke polär |
Promoter och genreglering
Enligt Genomatix är LOC389102 (synonym med LOC105377021) nära en 601 baspar promotor och en 5'UTR 129 baspar långa i följd. Genomatix förutsäger flera transkriptionsfaktorer i allmänhet. Två utvalda faktorer som förutspås inkluderar Gli3 och E2F1 .