Konsortium för funktionell glykomik

Konsortium för funktionell glykomik
Bildning	2001
Syfte	att definiera paradigm genom vilka protein-kolhydratinteraktioner förmedlar cellkommunikation
Huvudkontor	Scripps Research Institute
Medlemskap	öppen för alla utredare som bedriver anslagsfinansierad forskning om glykanbindande proteiner eller deras ligander
Huvudutredare	James Paulson, Ph.D.
Budget	finansieras av ett 10-årigt limbidrag från National Institute of General Medical Sciences, en del av US National Institutes of Health (NIH)
Hemsida	http://www.functionalglycomics.org

Consortium for Functional Glycomics ( CFG ) är ett stort forskningsinitiativ som finansierades 2001 av ett limanslag från National Institute of General Medical Sciences (NIGMS) för att "definiera paradigm genom vilka protein - kolhydratinteraktioner förmedlar cellkommunikation ". För att uppnå detta mål studerar CFG funktionerna för:

de tre huvudklasserna av däggdjursglykanbindande proteiner (GBP): C-typ lektin , galectin och SIGLEC
immunreceptorer som binder kolhydrater: CD1 , T-cellsreceptor och anti- kolhydratantikroppar
GBPs av mikroorganismer som binder till värdcellsglykaner som receptorer.

CFG består av åtta kärnanläggningar och över 500 deltagande utredare som arbetar tillsammans för att utveckla resurser och tjänster och göra dem tillgängliga för forskarsamhället utan kostnad. Data som genereras av dessa resurser samlas in i databaser som är tillgängliga via Functional Glycomics Gateway, en webbresurs som underhålls genom ett partnerskap mellan CFG och Nature Publishing Group .

Organisation

CFG består av tre huvudkomponenter: de deltagande utredarna, kärnorna och styrkommittén.

Deltagande utredare

Framsteg mot CFG:s övergripande mål drivs av forskning från mer än 500 deltagande utredare] (PIs) runt om i världen, vars laboratorier använder resurser, tjänster och data som produceras av CFG:s vetenskapliga kärnor.

PI:erna är den största komponenten i programmet och fortsätter att växa med nya medlemmar varje år. Varje PI har också ett forskningsprogram inom ramen för CFG, som stöds av icke-CFG-fonder. Utredare ansöker om medlemskap och måste ha ett finansierat anslag inom ramen för CFG, men de är inte skyldiga att gå med i CFG för att få tillgång till resurser. Flera PI:er har också CFG-finansierade överbryggningsanslag som i första hand är knutna till och möjliggör målen för de vetenskapliga kärnorna, till gagn för alla PI:er.

PI:erna är organiserade i 10 undergrupper som leds av undergruppsledare:

Mikroorganismigenkänning av värdglykaner
Immunigenkänning av glykaner
Glykaner i immuncellskommunikation
Glykaner i utveckling och fysiologi
Glykaner i cancerbiologi
Glykaner i proteinkonformation och funktion
Analytisk glykomik
Kemisk syntes och glykanmikroarrayer
3-D Strukturell glykobiologi
Bioinformatik

Undergrupperna håller minst tre workshops per år, där de har bildat flera arbetsgrupper för att utnyttja CFG-finansiering i sina ansträngningar att definiera GBP-biologi. PI-bidrag för att belysa paradigm som definierar GBP-funktion fångas i CFG:s databaser, såväl som forskningspublikationer och översiktsartiklar.

Kärnor

Majoriteten av CFG-medlen investeras i de vetenskapliga kärnorna, som är ansvariga för att generera nya resurser, ny teknik och en plattform av information som utredarna använder i sin forskning. De åtta CFG-kärnorna beskrivs nedan:

Administrative Core (A) , belägen på The Scripps Research Institute , stödjer CFG-styrkommittén, kärnor och deltagande utredare, planerar möten och workshops, publicerar ett kvartalsvis nyhetsbrev, underlättar resursförfrågningar, spårar CFG-relaterade publikationer och skriver framstegsrapporter till NIGMS. Core A arbetar också nära Core B för att uppdatera och utveckla nytt innehåll för Functional Glycomics Gateway-webbplatsen.
Bioinformatics Core (B) , belägen vid Massachusetts Institute of Technology , ansvarar för att skaffa, lagra och sprida all CFG-relaterad data och information. För detta ändamål arbetar Core B med Nature Publishing Group för att utveckla CFG:s Functional Glycomics Gateway-webbplats. Här har Core B konstruerat komplexa relationsdatabaser för att integrera olika datauppsättningar som genererats av CFG:s vetenskapliga kärnor och deltagande utredare, såväl som datauppsättningar från andra offentliga databaser. För att öka användbarheten av dessa databaser, samarbetar Core B med de vetenskapliga kärnorna för att utveckla bioinformatiska verktyg för datautvinning och förutsägelse
Analytical Glycotechnology Core (C), belägen vid Imperial College London , erbjuder masspektrometriprofilering av protein N- och O-kopplade glykaner från däggdjursceller, med högsta prioritet till rena populationer av mänskliga eller murina immunceller.
Glycan Array Synthesis Core (D) , belägen vid The Scripps Research Institute , producerar och samlar in kolhydratföreningar (monosackarider, disackarider, etc.), glykanbindande proteiner och antiglykanantikroppar för distribution till utredare. Många av dessa reagenser bidrogs generöst av deltagande utredare. Core D syntetiserar också glykaner för och skriver ut CFG-glykanarrayen (se Core H nedan)
Gene Microarray Core (E) , belägen vid The Scripps Research Institute , screenar RNA-prover från utredare på en specialdesignad glykogenchip-array utvecklad med Affymetrix -teknologi. Chipet innehåller sonduppsättningar utformade för att övervaka uttrycket av cirka 2000 human- och musgener, inklusive glykosyltransferaser, glykanbindande proteiner, glykannedbrytningsproteiner, intercellulära proteintransportproteiner, sockertransportörer, adhesionsmolekyler, interleukiner, muciner, tillväxtfaktorer, cytokiner, kemokiner och mer.
Mouse Transgenics Core (F), tidigare belägen på The Scripps Research Institute , är nu stängd. Från 2001-2009 genererade Core F 26 totala och villkorade knockout-muslinjer som saknade glykanbindande proteiner eller glykosyltransferaser. Alla Core F-stammar är nu arkiverade på Mutant Mouse Regional Resource Center (MMRRC) vid University of California, Davis eller The Jackson Laboratory (Jax). Som en tjänst för samhället har CFG fortfarande en plats i Functional Glycomics Gateway för att hjälpa utredare att hitta potentiella källor till glykogen knockout-muslinjer.
Mouse Phenotype Core (G) , belägen vid Sanford-Burnham Medical Research Institute , arbetar med deltagande forskare "mentorer" för att bedöma histologi, hematologi, metabolism, immunologisk funktion och beteende hos Core F-genererade muslinjer för att beskriva fenotypiska resultat av radering av en eller flera glykogener. Efter val av musunderkommittén utvärderar Core G också ibland muslinjer som tillhandahålls av utredare.
Protein-Glycan Interaction Core (H) , belägen vid Emory University , analyserar forskargenererade lektiner, antikroppar, antisera, mikroorganismer eller misstänkta glykanbindande proteiner av mänskligt, djur- och mikrobiellt ursprung på en glykanuppsättning från däggdjur för att bestämma kolhydratspecificitet och identifiera specifika ligander. Den nuvarande versionen av arrayen (v4.1), utvecklad och tryckt av Core D, innehåller 465 olika glykaner.

Styrgrupp

CFG leds av en styrgrupp som leds av James C. Paulson , Ph.D., professor vid The Scripps Research Institute och huvudutredare för CFG-limanslaget. Elva ytterligare glykomexperter och en NIGMS-vetenskapsman utgör resten av kommittén.

Fem underkommittéer övervakar kärnorna och ger rekommendationer till styrkommittén angående resursprioriteringar och teknikutveckling: Bioinformatics Subcommittee, Glycan Array/Carbohydrate Library Subcommittee, Glycan Analysis Subcommittee, Mouse Subcommittee och Nomenclature Subcommittee.

Resurser

CFG-resurserna och tjänsterna som beskrivs ovan är gratis för användning av utredare som studerar den komplexa biologin som styr interaktionerna mellan glykanbindande proteiner och deras ligander för att förmedla cellkommunikation.

Resurser kan begäras genom att skicka in ett formulär på Functional Glycomics Gateway-webbplatsen. När en begäran har tagits emot granskar den lämpliga huvuddirektören den och kontaktar utredaren om mer information behövs. När kärndirektören slutfört en begäran och avgör om kärnan är kapabel att uppfylla den eller inte, granskar CFG:s styrkommitté begäran för slutgiltigt godkännande.

Medlemskap i CFG är inte ett krav för att ta emot resurser, men en utredares institution måste godkänna CFG:s datadelningsavtal för att slutföra resursbegäran.

Databaser

Data som erhållits av CFG:s vetenskapliga kärnor med prover som lämnats in av PI:er och data som erhållits av utredare i deras egna labb med hjälp av CFG-resurser, laddas upp till CFG:s databaser för spridning till utredare och till det vetenskapliga samfundet. Specialitetsdatabaser för GBP, glykanstrukturer och glykosyltransferaser är utformade för att hjälpa till att integrera data och bedöma framsteg mot det övergripande målet.

Det enklaste sättet att söka igenom all CFG-relaterad information är att ange ett nyckelord (t.ex. "galectin-1", "sialic acid", etc.) eller IUPAC-kolhydratnomenklatur i sökrutan högst upp i Functional Glycomics Gateway.

Finansiering

2001 tilldelades CFG ett femårigt limbidrag på 34 miljoner USD från NIGMS. 2006 förnyades CFG-limanslaget med ytterligare fem år med ytterligare 40,7 miljoner USD. Finansieringen av limbidraget upphörde den 31 augusti 2011. CFG söker alternativ finansiering för att fortsätta många aspekter av CFG efter finansieringsperioden för limbidraget.