Sköldpaddor har klassificerats på olika sätt av olika författare. Medan de tidigare ansågs vara anapsider , anses de nu vara mer härledda. Nyligen genomförda analyser av molekylära bevis har starkt antytt att de hör hemma i kladden Archosauromorpha (även känd som Archelosauria). Nedan finns många av de möjliga klassificeringarna av Testudines och Testudinata :