Jute genom
Ett konsortium av forskare i Bangladesh har framgångsrikt avkodat genomsekvenseringen av juteväxtens utkast . Konsortiet bestod av Dhaka University , Bangladesh Jute Research Institute och mjukvaruföretaget DataSoft Systems Bangladesh Ltd. i samarbete med Center for Chemical Biology, University of Science Malaysia och University of Hawaii i Manoa , USA. Den 16 juni 2010 avslöjade Bangladeshs premiärminister Sheikh Hasina i parlamentet att forskare från Bangladesh framgångsrikt hade gjort utkast till genomsekvensering av jute som kommer att bidra till att förbättra jutefiber. Bangladesh är det andra landet efter Malaysia bland utvecklingsländerna i denna typ av prestation.
Historia
Allt började i februari 2008, när Maqsudul Alam kontaktade professor Ahmad Shamsul Islam , koordinator för GNOBB (Global Network of Bangladesh Biotechnologists) angående möjligheten att sekvensera jute-genomet. Den bangladeshiska vetenskapsgemenskapen, som redan undersökte möjligheten att få jutegenomet sekvenserad, svarade på detta erbjudande, vilket startade processen. Hela processen började med många långa konferenssamtal mellan Dr. Alam och växtmolekylärbiologer , professorerna Haseena Khan och Zeba Islam Seraj vid institutionen för biokemi och molekylärbiologi, University of Dhaka . De etablerade kopplingar till University of Hawaii, USA och University of Science Malaysia för tekniskt stöd och utarbetade ett projektförslag för att samla in medel från olika institutioner. I början fanns det många försäkran men verkligheten var en annan. I det första skedet gav Genome Research Center USA och University of Science Malaysia lite teknisk hjälp för att samla in forskningsdata om jute från hela världen. För att analysera enorma mängder data uppstod ett behov av en superdator. Det fanns fortfarande ett behov av finansiering för fältforskning. "Swapnajatra"-teamet blir frustrerade över att inte få ordentligt stöd. Det blev svårt att fortsätta engagera teammedlemmarna. 2009 publicerade The Daily Prothom Alo en artikel om forskningen som förändrade allt. Jordbruksminister Matia Chowdhury presenterade Dr Maqsudul Alam för premiärminister Sheikh Hasina och försäkrade om ytterligare stöd. Så teamet "Swapnajatra" återfick sitt självförtroende och fortsatte sitt arbete.
Resurser
Genomiskt DNA (gDNA) från Tossa Jute ( Corchorus olitorius O-4) användes för high-throughput Next Generation Sequencing (NGS) plattformar, inklusive 454 GS FLX, Illumina/Solexa och SOLiD. Mer än 50X täckning (över 100 miljarder A, C, G och Ts) av Jute-genomsekvenseringsdata användes för utkastet till sammansättningen. Flera open-source och kommersiella genomsammansättning och annoteringspipelines användes för att sammanställa och analysera rådata. För att validera utkastet till genomet utfördes också transkriptomanalys . För dataanalys användes olika beräkningsresurser, allt från en högpresterande klusterserver till Dell-servrar till Silicon Graphics SGI Altix-350 och 450.