Klubben grundades den 25 september 2006 och spelade sin första turnering på 2007 års upplaga av Aaha! Guld Cup . Enligt RSSSF var klubben "befordrad från 4:e till 2:a nivån inom 2 månader". Klubben flyttades upp till ANFA 'A' Division League ett år senare.
På grund av ekonomiska meningsskiljaktigheter mellan League Association ANFA och Nepal Football Association ställdes säsongen 2007/08 in innan säsongsstarten. Under de följande tre åren pausades ligan, spelverksamheten började först igen med säsongen 2011 . Himalayan Sherpa var femma under sin första säsong i den högsta nepalesiska ligan av 18 klubbar. Genom denna framgång lyckades klubben värva den ugandiska landslagsmannen Samuel Mubiru på lån från Uganda Revenue Authority SC 2011/12, Tanzanias Castory Mumbala och de två före detta nigerianska ungdomsspelarna Hope Rally och Segun Akinade. Mubiru blev den bästa assist-givaren i ligan och beordrades därför tillbaka till Uganda Revenue Authority SC efter utgången av hans låneavtal. Klubben firade den största framgången i klubbhistorien under sin andra säsong i högsta divisionen, då den tog andraplatsen och därmed vann tvåan i National League.
