Klubben grundades 1947 och spelade mestadels i de lägre divisionerna av israelisk fotboll . Hapoel spelade sin första fotbollssäsong i Liga Meuhedet , den tillfälliga andra nivån säsongen 1949–50, där de slutade sexa i Samaria-divisionen och placerades i Liga Bet , den andra nivån i israelisk fotboll vid den tiden. Hapoel drog sig dock tillbaka från säsongen 1951–52 och degraderades automatiskt till Liga Gimel . Klubben upplöstes 1958 på grund av ekonomiska problem och reformerades fem år senare, 1963. Säsongen 1965–66 vann Hapoel Liga Gimel Samaria-divisionen, och efter uppflyttningsslutspelet flyttades upp till Liga Bet. Under 1969–70 vann klubben Liga Bet North B-division och uppflyttade till Liga Alef , den andra nivån vid den tiden. Klubbens speltid i Liga Alef varade dock bara en säsong, eftersom de slutade på andra plats i den norra divisionen säsongen 1970–71 och degraderade tillbaka till Liga Bet. Säsongen 1973–74 slutade klubben botten i North B-divisionen, och efter nedflyttningsslutspelet degraderades de till Liga Gimel.
Före säsongen 1995–96 slogs klubben samman med lokala rivalerna Maccabi Zikhron Ya'akov för att skapa Ironi Zikhron Ya'akov. Den sammanslagna klubben upplöstes i slutet av säsongen 1999–2000 , efter nedflyttning från Liga Bet till Liga Gimel.
