Efter etableringen av staten Israel tävlade klubben i Liga Meuhedet , den tillfälliga andra klassen säsongen 1949–50, där de slutade tvåa i Jerusalem och South divisionen, och placerades i Liga Bet , sedan den andra nivå, under följande säsong . Den sista matchen av säsongen 1953–54 såg klubben ha en chans att återvända till toppklassen, eftersom de bara behövde oavgjort. De förlorade dock med 1–2 mot Beitar Jerusalem , som flyttades upp istället.
Säsongen 1961–62 slutade klubben botten i Liga Alef South division och degraderade till Liga Bet, då den tredje nivån. Under den följande säsongen , medan Hapoel Rehovot placerades i Liga Bet South A division, uppnådde en annan Hapoel-klubb från Rehovot, Hapoel Marmorek , uppflyttning till Liga Alef från Liga Bet South B division. Sommaren 1968 slogs de två klubbarna samman, med den sammanslagna klubben som gick för att tävla i Liga Alef, blev officiellt känd som Hapoel Marmorek-Rehovot . Som ett resultat överfördes klubbrättigheterna till Hapoel Kiryat Gat (som tog Hapoel Rehovots plats i Liga Bet) och Hapoel Rehovot försvann från fotbollen, även om Hapoel Kiryat Gat under den följande säsongen spelade under namnet Hapoel Kiryat Gat Rehovot.
Två av klubbens spelare, Avraham Ginzburg (1953, 1954) och Meir Tobias (1953), fortsatte att spela för det israeliska fotbollslandslaget .
