Geworkbench
| Utvecklare |
Columbia University , First Genetic Trust National Cancer Institute |
|---|---|
| Initial release | 2004 |
| Stabil frisättning | 2.6.0.3 / 21 december 2016
|
| Operativ system | Windows , Linux , Mac OS X |
| Plattform | x86 |
| Tillgänglig i | engelsk |
| Typ | Genomdataanalys _ |
| Licens | BSD-liknande |
| Hemsida |
geWorkbench (genomics Workbench) är en mjukvaruplattform med öppen källkod för integrerad genomisk dataanalys. Det är en skrivbordsapplikation skriven i programmeringsspråket Java . geWorkbench använder en komponentarkitektur. Från och med 2016 finns det mer än 70 plug-ins tillgängliga, som tillhandahåller visualisering och analys av genuttryck , sekvens och strukturdata.
geWorkbench är bioinformatikplattformen för MAGNet, National Center for the Multi-scale Analysis of Genomic and Cellular Networks, ett av de 8 nationella centra för biomedicinsk datoranvändning som finansieras genom NIH Roadmap ( NIH Common Fund ). Många system och strukturbiologiska verktyg utvecklade av MAGNet-utredare är tillgängliga som geWorkbench-plugins.
Funktioner
- Beräkningsanalysverktyg som t-test, hierarkisk klustring, självorganiserande kartor, rekonstruktion av reglerande nätverk, BLAST-sökningar, upptäckt av mönstermotiv, förutsägelse av proteinstruktur, strukturbaserad proteinannotering, etc.
- Visualisering av genuttryck (värmekartor, vulkanplot), molekylära interaktionsnätverk (genom Cytoscape ), proteinsekvens och proteinstrukturdata (t.ex. MarkUs).
- Integration av information om gen- och vägkommentarer från kurerade källor samt genom anrikningsanalys av genontologi.
- Komponentintegration genom plattformshantering av input och output. Bland data som kan delas mellan komponenter finns uttrycksdatauppsättningar, interaktionsnätverk, uppsättningar och sekvenser för prov och markörer (gen).
- Spårning av datamängdshistorik - komplett register över använda datamängder och inmatningsinställningar.
- Integration med tredjepartsverktyg som Genepattern , Cytoscape och Genomespace .
Demonstrationer av varje funktion som beskrivs kan hittas på http://wiki.c2b2.columbia.edu/workbench/index.php/Tutorials .
versioner
- geWorkbench är programvara med öppen källkod som kan laddas ner och installeras lokalt. En zip-fil med den släppta versionen av Java-källan är också tillgänglig.
- Förpackade installationsversioner finns också för Windows, Macintosh och Linux.
Se även
externa länkar
- Officiell webbplats , inkluderar installation, handledning, vanliga frågor, kända problem
- - geworkbench release nedladdningar
- - geWorkbench plugins