GRAFIK

Inom molekylärbiologi är PRINTS -databasen en samling så kallade "fingeravtryck": den tillhandahåller både en detaljerad anteckningsresurs för proteinfamiljer och ett diagnostiskt verktyg för nyligen bestämda sekvenser. Ett fingeravtryck är en grupp bevarade motiv tagna från en multipelsekvensuppställning - tillsammans bildar motiven en karakteristisk signatur för den upplinjerade proteinfamiljen. Motiven i sig är inte nödvändigtvis sammanhängande i sekvens, utan kan komma samman i 3D-rymden för att definiera molekylära bindningsställen eller interaktionsytor. Den särskilda diagnostiska styrkan hos fingeravtryck ligger i deras förmåga att särskilja sekvensskillnader på klan-, superfamilj-, familje- och underfamiljnivå. Detta tillåter finkorniga funktionella diagnoser av okarakteriserade sekvenser, vilket tillåter till exempel diskriminering mellan familjemedlemmar på basis av liganderna de binder eller proteinerna som de interagerar med, och belyser potentiell oligomerisering eller allosteriska ställen.

PRINTS är en av grundarna till den integrerade resursen InterPro , en allmänt använd databas med proteinfamiljer, domäner och funktionella webbplatser.

externa länkar

• PRINTS Database (University of Manchester Bioinformatics Education and Research)