Funktionell molekylär infektionsepidemiologi

Functional Molecular Infection Epidemiology ( FMIE ) är ett framväxande medicinområde som omfattar studier av patogengener och genom i samband med deras funktionella association med värdnischerna (adhesion, invasion, anpassning) och de komplexa interaktioner som de utlöser inom värdens immunförsvar . system ( cellsignalering , apoptos ) för att kulminera i olika utfall av infektionen. Detta kan också definieras som korrelationen av genetiska variationer i en patogen eller dess respektive värd med en unik funktion som är viktig för sjukdomens svårighetsgrad, sjukdomsprogression eller värdmottaglighet för en viss patogen. Funktionell epidemiologi innebär inte bara beskrivande värd-patogen genomiska associationer, utan snarare samspelet mellan patogen och värdgenomiska variationer för att funktionellt demonstrera rollen av de genetiska variationerna under infektion.

Funktionell molekylär infektionsepidemiologi skiljer sig från klassisk molekylär infektionsepidemiologi huvudsakligen genom att den senare handlar om märkning och spårning av det infektionsämne utan större oro för de funktionella/fenotypiska egenskaperna hos medlet som spåras. Funktionell molekylär epidemiologi, å andra sidan, lägger mer vikt vid genotypiska och fenotypiska korrelat av värd-patogen interaktion, anpassning eller homeostas. Dessutom använder klassisk molekylär epidemiologi till stor del "neutrala" markörer, såsom insättningssekvenser och intergena element, medan funktionell molekylär epidemiologi utnyttjar funktionellt relevanta markörer såsom SNPs och genomkoordinater med förmodade roller i infektionsbiologi - både på patogenen och värden sida. Många studier har genomförts som passar temat FMIE - till exempel förvärv och överföring av Mycobacterium avium subsp. paratuberkulos och dess roll i utvecklingen av typ 1- diabetes mellitus när den mänskliga genen SLC11A1 genomgår särskilda mutationer i en mottaglig värd.

Konceptet med FMIE har blivit potentiellt relevant i efterdyningarna av multipel genomsekvensering och återsekvensering av viktiga bakteriella patogener från många olika värd-/patientpopulationer.

Ett konsortium av forskare i Indien och Tyskland är (Project BRIDGE) redan bildat under beskydd av Freie University i Berlin och University of Hyderabad för att utforska och undersöka tillämpningen av FMIE inom folkhälso- och veterinärområdet som en del av DFG-finansierat projekt - GRK1673 under gemensam ledning av Lothar H. Wieler (Free University of Berlin) och Niyaz Ahmed (University of Hyderabad).