Forskningsnätverk för biomedicinsk informatik
The Biomedical Informatics Research Network, som bland analytiker ofta kallas "BIRN" är ett nationellt föreslaget projekt för att hjälpa biomedicinska forskare i deras biovetenskapliga undersökningar genom datadelning och onlinesamarbeten. BIRN tillhandahåller infrastruktur för datadelning, rådgivningstjänster från en enda källa och mjukvaruverktyg och tekniker. Detta nationella initiativ finansieras av NIH Grants, National Center for Research Resources och National Institute of General Medical Sciences (NIGMS), en del av United States National Institute of Health (NIH).
Översikt
För att tjäna den biomedicinska gemenskapen är BIRN utformad för att dela betydande och intensiv data mellan forskare över geografiska avstånd med hjälp av användardriven basprogramvara. Deltagare kan överföra data säkert och privat, internt och externt. All dataöverföring är utformad för att överensstämma med Health Insurance Portability and Accountability Act från 1996 (HIPAA) sekretess- och säkerhetsriktlinjer.
BIRN erbjuder också dokumenterade bästa praxis, expertråd, datadelning och fråge- och analysverktyg som är specifika för biomedicinsk forskning. Dess forskare utvecklar auktoriseringsmöjligheter och nya datadelnings- och tekniska verktyg för att hjälpa forskare att förstå ny information.
Strukturera
BIRN är ett samarbete mellan NIGMS och en mängd olika rikstäckande ledarskapsföreningar: Information Sciences Institute (ISI) vid University of Southern California , University of Chicago , Massachusetts General Hospital , University of California i Irvine och University of California i Los. Angeles .
Dess tvärvetenskapliga team består av datavetare, ingenjörer, läkare, biomedicinska forskare och andra tekniska experter, inklusive grid computing-utvecklare Carl Kesselman från USC ISI och Ian Foster från Argonne National Laboratories. Huvudansvariga utredare är:
- Carl Kesselman, Ph.D., professor vid University of Southern California (USC) Daniel J. Epstein Department of Industrial and Systems Engineering, och en Fellow vid Information Sciences Institute (ISI), dess högsta utmärkelse;
- Ian Foster, Ph.D., chef för Computation Institute, ett gemensamt projekt mellan University of Chicago och Argonne National Laboratory, och biträdande chef för Argonnes matematik- och datavetenskapsavdelning;
- Steven G. Potkin, MD, professor vid avdelningen för psykiatri och mänskligt beteende vid University of California i Irvine (UCI) och chef för UCI:s Brain Imaging Center;
- Bruce R. Rosen, MD, Ph.D., professor i radiologi vid Harvard Medical School och Health Sciences and Technology vid Harvard-MIT Division of Health Sciences and Technology, och chef för Athinoula A. Martinos Center for Biomedical Imaging vid Massachusetts General Hospital i Boston, MA ;
- Jonathan C. Silverstein, MD, biträdande direktör och senior fellow vid University of Chicago-Argonne National Laboratory Computation Institute, och en docent i kirurgi, radiologi och biologiska vetenskaper vid UC;
- Arthur Toga, Ph.D., professor vid University of Southern California.
Resurser
Användarna sträcker sig från små forskargrupper till större forskargrupper. Som de nationella konsortierna som Nonhuman Primate Research Consortium (NHPRC) och Cardiovascular Research Grid (CVRG), båda finansierade av NIH.
Genom att använda BIRNs möjligheter både för att komma åt data och utföra forskning kan grupper genomföra storskaliga dataanalyser samtidigt som de maximerar sin befintliga tekniska infrastruktur och expertis. Användare kan också delta i BIRN-arbetsgrupper som utvecklar och stödjer nyckelfunktioner, drift, säkerhet och krav på datadelning.
BIRN erbjuder en webbplats, wiki och e-postlistor för att hjälpa användare att hålla sig uppdaterade om nyheter och information. De bästa metoderna och ämnena relaterade direkt till deras överväganden om datadelning. Dess experter kan hjälpa biomedicinska team att välja standarder för programvara, data och metadata; inrätta säkerhetsmekanismer och delningsprotokoll för att skapa multiinstitutionella policyer från ett potentiellt överväldigande utbud av alternativ.
Historia
BIRN byggdes till en början kring flera "testbäddar" eller utvalda projekt inom neurologisk forskning och startade som ett NCRR-initiativ. Under 2008 utökades dess mjukvara avsevärt till att inkludera stöd för datadelning över hela den biomedicinska forskningsgemenskapen. Nätverket, som nu är öppet för alla biomedicinska forskargrupper, är övertygat om att BIRN kommer att dra nytta av dess tjänster, oavsett en grupps specialitet, mandat, storlek eller placering i USA.
BIRNs uppdrag har också gått från att ha en central plats för data till ett sätt att stödja effektiv dataöverföring. Som ett resultat av detta tillhandahåller BIRN inte längre hårdvara, erbjuder eller underhåller servrar (tidigare kallade "rack") för lagring av användarinformation, eller använder deltagarnas datorer som nätverksutbyte.
Det användardrivna, mjukvarubaserade tillvägagångssättet stöder istället datadelning på deltagarnas befintliga hårdvara och mjukvara. Varje användargrupp behåller kontroll över och ansvar för sin egen hårdvara – och för säkerheten och integriteten för sin egen information. Data lagras på användarnas system snarare än i ett centralt arkiv, vilket möjliggör lagring av, och tillgång till, mycket större datamängder än vad som var möjligt med enbart BIRN "rack".
Medlemskap
För att bli medlemmar börjar grupperna med att fylla i ett kontaktformulär på BIRNs hemsida. En BIRN-teammedlem svarar, och om dess tjänster verkar vara en bra match, hänvisar han/hon vanligtvis frågeställare till en BIRN-medlem eller WG för mer djupgående samtal.
BIRN strävar efter att hjälpa universitet och institutionsbaserade forskare med komplexa, distribuerade projekt, tekniskt eller geografiskt. Till exempel kliniska prövningar på flera platser.
Arbetsgrupper (WG) utvärderar kandidatprojekt utifrån deras unika egenskaper och användningsfall. Det finns inga specifika projektkriterier eller nödvändiga storlekar, även om arbetsgrupper kan ta hänsyn till faktorer som forskningsmål, potentiell påverkan, tekniska utmaningar, värdinstitution och sponsorfinansiering.
WGs diskuterar vanligtvis om BIRNs kapacitet kommer att hantera gruppens dataanvändningskrav, vilka BIRN-verktyg och expertområden som skulle passa bäst, och relaterade frågor. BIRN uppmuntrar starkt förfrågningar från biomedicinska forskningsgrupper över hela landet.
Bland egenskaperna hos grupper som sannolikt kommer att få ut det mesta av BIRN: behovet av att utbyta data mellan flera webbplatser på en kontinuerlig basis, inte bara från en plats till en annan eller för ett engångsprojekt, och/eller att skapa data från flera webbplatser som är allmänt tillgängliga.
På ett socialt plan letar BIRN efter grupper som förstår användarnas problem med datadelning och kan formulera hur dessa problem påverkar dem på vardagliga, verkliga sätt. Grupper förväntas inte vara tekniska guider, men behöver kunna formulera specifika datadelningsbehov och problem.
BIRN bidrar med teknisk expertis, medan användarna tillhandahåller den kunskap som är specifik för sitt område. Till exempel kan BIRN ge råd om hur man går tillväga för att definiera användarnas behov och krav, men det är bara användare som kan avgöra specifikt vad dessa faktorer ska vara. Eftersom BIRN inte är en "plug-and-play"-produkt, söker nätverket potentiella användare som är engagerade i att utforma, designa, bygga och implementera den bästa lösningen för deras omständigheter.