East Bengal vann finalen med 3–0 via straffläggningar efter att matchen slutade 0–0 efter tillagd förlängning, för att ta sin sjätte Federation Cup-titel.
East Bengal gick automatiskt in i Indian Federation Cup 2009–10 eftersom de redan var i I-League . De placerades i grupp A tillsammans med JCT , Salgaocar och Viva Kerala och deras matcher spelades på Satindra Mohan Dev Stadium , Silchar . Turneringen fick en blandad start för Östbengalen när de gjorde mållöst oavgjort i sin inledande match mot Viva Kerala och sedan besegrade Salgaocar med 1–0 i sin andra match. Yusif Yakubu gjorde mål i den 15:e matchminuten. I den tredje matchen mot JCT krävde East Bengal en vinst för att kvalificera sig och de lyckades besegra Punjabs sida med 1–0 med Bhaichung Bhutia som gjorde vinnaren i den 80:e minuten för att ta Östbengalen till semifinal. I semifinalen mötte Östra Bengalen sina ärkerivaler Mohun Bagan på Nehru Stadium i Guwahati , med minnena av 5–3-förlusten i I-League- matchen fortfarande färska, Red and Gold-brigaden tog sin revansch när de besegrade Mohun Bagan med 2–0 med mål från Yusif Yakubu och Mehtab Hossain för att nå finalen. José Ramirez Barreto missade en straff i första halvlek för Bagan.
Shillong Lajong gick automatiskt in i Indian Federation Cup 2009–10 eftersom de redan var i I-League . De placerades i grupp D tillsammans med Air India , Dempo och Pune FC och deras matcher spelades på Nehru Stadium i Guwahati . Lajong var underdogs i gruppen och började sin kampanj med oavgjort 1–1 mot Air India. I sin andra match chockade de de regerande I-League- mästarna Dempo med en 2–1-seger och med Dempo som redan förlorade sin första match mot Pune, krävde Lajong oavgjort mot Pune för att säkra deras kvalificering till semifinalerna. I den senaste gruppspelsmatchen gjorde Lajong oavgjort 1-1 och bekräftade sin plats i semifinalen för allra första gången. I semifinalen mötte Lajong favoriterna Churchill Brothers men deras sagolopp fortsatte när de orsakade ytterligare en upprördhet med en 1–0-vinst tack vare en ensam attack från Seikhohau Tuboi för att nå sin första Federation Cup-final.
80 
80 
