Enkelsträngad konformationspolymorfism

Enkelsträngad konformationspolymorfism ( SSCP ), eller enkelsträngad kedjepolymorfism , definieras som en konformationsskillnad av enkelsträngade nukleotidsekvenser av identisk längd som induceras av skillnader i sekvenserna under vissa experimentella betingelser. Denna egenskap gör att sekvenser kan särskiljas med hjälp av gelelektrofores, som separerar fragment enligt deras olika konformationer.

Fysisk bakgrund

En enkel nukleotidförändring i en viss sekvens, som ses i ett dubbelsträngat DNA, kan inte särskiljas med gelelektroforestekniker, vilket kan tillskrivas det faktum att; de fysiska egenskaperna hos de dubbla strängarna är nästan identiska för båda allelerna. Efter denaturering genomgår enkelsträngat DNA en karakteristisk 3-dimensionell veckning och kan anta ett unikt konformationstillstånd baserat på dess DNA-sekvens. Skillnaden i form mellan två enkelsträngade DNA-strängar med olika sekvenser kan få dem att migrera olika genom en elektroforesgel, även om antalet nukleotider är detsamma, vilket i själva verket är en tillämpning av SSCP.

Tillämpningar inom molekylärbiologi

SSCP brukade vara ett sätt att upptäcka nya DNA-polymorfismer förutom DNA-sekvensering men ersätts nu av sekvenseringstekniker på grund av effektivitet och noggrannhet. Idag är SSCP mest tillämpbart som ett diagnostiskt verktyg inom molekylärbiologi. Det kan användas vid genotypning för att upptäcka homozygota individer av olika alleliska tillstånd, såväl som heterozygota individer som var och en ska visa distinkta mönster i ett elektroforesexperiment. SSCP används också i stor utsträckning inom virologi för att upptäcka variationer i olika stammar av ett virus, tanken är att en viss viruspartikel som finns i båda stammarna kommer att ha genomgått förändringar på grund av mutation, och att dessa förändringar kommer att få de två partiklarna att anta olika konformationer och således vara differentierbar på en SSCP-gel.