Enkelbasförlängning

Enkelbasförlängning (SBE) är en metod för att bestämma identiteten av en nukleotidbas vid en specifik position längs en nukleinsyra . Metoden används för att identifiera en enkelnukleotidpolymorfism (SNP).

I metoden hybridiserar en oligonukleotidprimer till en komplementär region längs nukleinsyran för att bilda en duplex, med primerns terminala 3'-ände direkt intill nukleotidbasen som ska identifieras. Med användning av ett DNA-polymeras förlängs oligonukleotidprimern enzymatiskt med en enda bas i närvaro av alla fyra nukleotidterminatorerna; nukleotidterminatorn som är komplementär till basen i mallen som förhörs inkorporeras och identifieras. Närvaron av alla fyra terminatorerna undertrycker felaktig inkorporering av icke-komplementära nukleotider. Många tillvägagångssätt kan användas för att bestämma identiteten för en inkorporerad terminator, inklusive fluorescensmärkning, massmärkning för masspektrometri, isotopmärkning och märkning av basen med en hapten och detektering kromogent med ett anti-hapten antikropp-enzymkonjugat (t.ex. via ett ELISA-format).

Metoden uppfanns av Philip Goelet, Michael Knapp, Richard Douglas och Stephen Anderson när de arbetade på företaget Molecular Tool. Detta tillvägagångssätt utformades för SNP-genotypning med hög genomströmning och kallades ursprungligen "Genetic Bit Analysis" (GBA). Illumina, Inc. använder denna metod i sin Infinium-teknologi ( http://www.illumina.com/technology/beadarray-technology/infinium-hd-assay.html ) för att mäta DNA-metyleringsnivåer i det mänskliga genomet.

• Philip Goelet, Michael R. Knapp, Stephen Anderson, (1999), US-patent nr 5,888,819. Washington, DC: US ​​Patent and Trademark Office.