Drosophila Genetic Reference Panel

Drosophila Genetic Reference Panel (DGRP) är en svit av Drosophila melanogaster- linjer som härrör från en överkorsad population i Raleigh , North Carolina . Grundarna av dessa linjer samlades från Raleigh State Farmer's Market . Sviten består av 205 helt sekvenserade linjer som har inavlats till nästan homozygositet . Det primära målet med DGRP är att tillhandahålla en gemensam uppsättning av stammar för kvantitativ genetikforskning i Drosophila . Varje forskare som använder raderna från DGRP kommer att ha tillgång till andra forskares data, som kommer att lagras i en allmänt tillgänglig databas. Detta gör att analyser kan utföras över studier utan att behöva oroa sig för komplikationer som uppstår från olika laboratorier som använder genomiskt olika linjer av fruktflugor.

Mål

Dessa linjer är användbara för att utföra QTL- kartor, eftersom varje rad är helt sekvenserad. Detta gör det möjligt att utföra associationskartläggning , som letar efter genomiska regioner som är korrelerade till en fenotyp. När laboratorier producerar QTL-kartor kommer en heltäckande bild av Drosophila -genomet att dyka upp med oöverträffad upplösning. För närvarande undersöks dussintals kvantitativa egenskaper av forskare, inklusive livslängd , fototaxi , parningsbeteende , vingmorfologi och äggläggningsplats.

Nuvarande användningsområden

Pilotbeviset på koncept och utveckling av DGRP kom från Trudy Mackay -labbet i Raleigh, North Carolina. Sekvenseringen gjordes av Baylor College of Medicine Sequencing Center , i samarbete med Richard Gibbs och Stephen Richards.

De preliminära sekvensdata kan erhållas från en offentlig databas som är värd för Baylor College of Medicine i Texas Medical Center . Rå sekvenseringsdata från projektet finns i NCBI Sequence Read Archive.

Specifika studier

Preliminära data har presenterats vid Genetics Society of America i Boston , Massachusetts . Studien undersöker sömnbeteendet hos Drosophila för att avslöja generna som är ansvariga. Data tyder på att minst 998 gener är ansvariga för en del av den mätbara variationen som hittats, inklusive kandidatgener CrebB-17A , rutabaga , Shaker och genen som kodar för epidermal tillväxtfaktorreceptor har alla varit inblandade i andra studier som involverade i sömnbeteende .

Forskare har också upptäckt en genotyp genom kostinteraktion som driver fenotypisk variation. Nyligen publicerade data indikerar att interaktionen mellan en flugs genom och dess miljö spelar en väsentlig roll för att bestämma fenotypen. Detta tyder på att vissa individer är överviktiga i en diet med hög fetthalt, men kan behålla en smalare fenotyp på en kost med hög sockerhalt.