DNase-Seq

DNase-seq ( DNase I hypersensitive sites sequencing) är en metod inom molekylärbiologi som används för att identifiera lokaliseringen av regulatoriska regioner, baserat på genomomfattande sekvensering av regioner som är känsliga för klyvning av DNas I. FAIRE-Seq är en efterföljare till DNase-seq för genomtäckande identifiering av tillgängliga DNA-regioner i genomet. Båda protokollen för att identifiera öppna kromatinregioner har fördomar beroende på underliggande nukleosomstruktur. Till exempel ger FAIRE-seq högre taggantal i icke-promotorregioner. Å andra sidan är DNase-seq-signalen högre vid promotorregioner, och DNase-seq har visat sig ha bättre känslighet än FAIRE-seq även vid icke-promotorregioner.

DNase-seq Footprinting

DNase-seq kräver vissa nedströms bioinformatiska analyser för att ge genomomfattande DNA-fotavtryck . De föreslagna beräkningsverktygen kan kategoriseras i två klasser: segmenteringsbaserade och platscentrerade tillvägagångssätt. Segmenteringsbaserade metoder är baserade på tillämpningen av Hidden Markov-modeller eller glidande fönstermetoder för att segmentera genomet i öppen/stängd kromatinregion. Exempel på sådana metoder är: HINT, Boyle-metoden och Neph-metoden. Platscentrerade metoder, å andra sidan, hittar fotspår givet den öppna kromatinprofilen runt motivförutspådda bindningsställen, dvs regulatoriska regioner som förutsägs med hjälp av DNA-proteinsekvensinformation (kodad i strukturer som Position weight matrix ) . Exempel på dessa metoder är CENTIPEDE och Cuellar-Partida-metoden.

externa länkar

• DNase I footprinting analys av DNase-seq data i R/Bioconductor
• TIPS : Handledning för detektering av DNAs-fotspår med HINT.
• CENTIPEDE webbplats