CeRNA-databas

Konkurrerande endogena RNA ( ceRNAs , hänvisar även till som miRNA-svampar) hypotes : ceRNA reglerar andra RNA-transkript (t.ex. PTEN) genom att konkurrera om delade mikroRNA . De spelar viktiga roller i utvecklingsmässiga, fysiologiska och patologiska processer, såsom cancer . Flera klasser av ncRNA (lncRNA, circRNA, pseudogener) och proteinkodande mRNA fungerar som nyckel- ceRNA (svampar) och för att reglera uttrycket av mRNA i växter och däggdjursceller .

Denna konkurrerande endogena RNA (ceRNA) databaser och resurser är en sammanställning av databaser och webbportaler och servrar som används för ceRNA förutsägelse och ceRNA nätverk.

namn	Beskrivning	typ
ceRNABase	ceRNABase är designad för att avkoda Pan-Cancer-ceRNA-nätverk som involverar lncRNA och mRNA genom att analysera 5599 tumör- och normala prover och 108 CLIP-Seq (HITS-CLIP, PAR-CLIP, iCLIP, CLASH) dataset.	databas och server
cefinder	Konkurrerande endogen RNA-databas: förutspådda ceRNA-kandidater från genomet.	databas
ceRNAFunction	ceRNAFunction är en webbserver för att förutsäga lncRNA- och proteinfunktioner från pan-cancer-ceRNA-nätverk med hjälp av 13 funktionella termer (inklusive: GO, KEGG, BIOCARTA, etc.).	webbserver
Amor	Cupid är en metod för samtidig förutsägelse av miRNA-målinteraktioner och deras förmedlade konkurrerande endogena RNA (ceRNA) interaktioner . Det är ett integrerat tillvägagångssätt som avsevärt förbättrar miRNA-målförutsägelsens noggrannhet, bedömd av både mRNA- och proteinnivåmätningar i bröstcancercellinjer. Cupid implementeras i 3 steg: Steg 1: omvärdera kandidatmiRNA-bindningsställen i 3' UTR:er. Steg 2: interaktioner förutsägs genom att integrera information om utvalda platser och det statistiska beroendet mellan uttrycksprofilerna för miRNA och förmodade mål. Steg 3: Cupid bedömer om antagna mål konkurrerar om förutspådda miRNA-regulatorer.	programvara (MATLAB)
Hermes	Hermes förutspår interaktioner mellan ceRNA (konkurrerande endogent RNA) från uttrycksprofiler för kandidat-RNA och deras gemensamma miRNA-regulatorer med hjälp av villkorlig ömsesidig information.	programvara (MATLAB)
Linc2GO	en anteckningsresurs för mänsklig LincRNA-funktion baserad på ceRNA-webbserver.	databas
.