CLC bio
 | |
| Typ | Privatägt företag |
|---|---|
| Industri | Bioinformatik |
| Grundad | 2005 |
| Huvudkontor | , |
Område som betjänas |
Danmark Cambridge, Massachusetts Tokyo Taipei Delhi |
| Produkter | Programvara och rådgivning |
| Hemsida | http://www.clcbio.com (död) |
CLC bio var ett bioinformatikprogramvaruföretag som utvecklade mjukvarupaket som senare köptes av QIAGEN .
Historia
CLC bio startade kommersiell verksamhet den 1 januari 2005 med huvudkontor i Århus , Danmark . Dess produktutveckling finansierades också delvis genom samarbete med forskare i anslagsfinansierade projekt. År 2012 hade det ytterligare kontor i Cambridge, Massachusetts , Tokyo , Taipei och Delhi , med personal till stor del från forskningsbakgrund (30 % hade en doktorsexamen) och hade byggt upp en användarbas på cirka 250 000 användare i både akademiska institutioner och bioteknikföretag.
CLC bio förvärvades av QIAGEN 2013 och slogs samman med sin bioinformatikforsknings- och utvecklingsdivision med flera andra köpta plattformar 2014.
programvara
CLC bios huvudsakliga aktiviteter var inom mjukvaruutveckling för stationära datorer ( Mac OS X , Windows och Linux ), företags- och molnmjukvara för analys av biologisk data . CLC bio utvecklade några av sina egna algoritmer med öppen källkod , såväl som sina egna SIMD -accelererade implementeringar av flera befintliga populära applikationer. 2010 var CLC bio känd som den första kommersiella plattformen för bioinformatikanalys som använde ett grafiskt användargränssnitt för att bygga, hantera och distribuera analysarbetsflöden samt kommandoradsverktyg , en SOAP och REST API, och senare, möjligheten att köra verktyg i containrar.
När ytterligare funktioner lades till mjukvaruplattformen delades den så småningom upp i flera teman Workbenches och plugins med samlingar av funktioner som är relevanta för olika applikationer (t.ex. väganalys , genomik och andra omics ). Funktioner inkluderar läsmapping och de novo-sammansättning av sekvenseringsdata med hög genomströmning , helgenomdetektion av SNP: er och strukturella variationer, ChIP-seq , RNA-Seq , liten RNA -analys, genomfinishing, mikrobiell genomik, strukturell biologi och funktioner för att analysera , visualisera och jämför genomiska , transkriptomiska och epigenomiska data.
Molntjänster
Under 2017 lanserade CLC bio sin CLC Genomics Cloud Engine som en kommandoradsdriven plattform för molnbaserat bioinformatikarbetsflöde på Amazon Web Services. Under 2019 anpassades denna plattform för och godkändes för användning i AWS GovCloud. 2020 släppte CLC bio en gratis plug-in som möjliggör exekvering av arbetsflöde på AWS direkt från CLC Genomics Workbenchs datorprogramvara. [ citat behövs ]
Hårdvara
Tidigt presenterade företaget till en början egenutvecklade högpresterande datorlösningar , med fokus på att accelerera öppen källkodsalgoritmer som HMMER , Smith-Waterman och ClustalW , med hjälp av FPGA -teknik. Dessa produkter är dock inte längre under utveckling.