C6orf222

C6orf222 är ett protein som hos människor kodas av C6orf222 -genen (6p21.31). C6orf222 är bevarad i däggdjur, fåglar och reptiler med den mest avlägsna ortologen är den gröna havssköldpaddan, Chelonia mydas . C6orf222-proteinet innehåller en konserverad däggdjursdomän: DUF3293. Proteinet förutspås också innehålla en BH3-domän , som har förutspått konservering i avlägsna ortologer från clade Aves.

Gen

C6orf222 är lokaliserad på den negativa DNA-strängen av den korta armen av kromosom 6 vid lokus 21.31. Genen är 21 129 baspar lång och sträcker sig från baspar 36315757 till 36336977. Genen producerar ett enda transkript som är 3 750 baspar långt. Det finns ett unikt uppströms stoppkodon i läsramen i 5'UTR-regionen från basparen 86-88 i mRNA:t.

Gene grannskap

Genen PNPLA1 finns på den positiva strängen strax uppströms om C6orf222 och tillhör den patatinliknande fosfolipasfamiljen. PNPLA1 sträcker sig från basparen 36239766 till 36313955. ETV7 finns nedströms på den negativa strängen och sträcker sig från basparen 36354221 till 36387800. Det finns två gener belägna uppströms (LOC105375036) och nedströms ( LOC105375036) . sträng, respektive . Dessa gener kodar för icke-kodande RNA .

Genexpression

Det finns flera bevis som tyder på att C6orf222-proteinet uttrycks icke-allmänt i utvalda vävnadsplatser vid låga nivåer, inklusive ascites, urinblåsa, tarm, testiklar, vagina, lymfkörtlar och hud. Ascites och urinblåsan visade det starkaste uttrycket med 25 respektive 66 transkriptioner per miljon.

Promotor

Promotorregionen för C6orf222 förutspås existera mellan 36304561 och 36305162 och har en längd på 602 baspar.

Protein

C6orf222 består av 652 aminosyror, har en vikt på 71,9 kDa och en isoelektrisk punkt på 8,70 hos människor.

Fungera

Även om den exakta funktionen av C6orf222 förblir okänd, har det funnits bevis för att det är involverat i apoptos som ett pro-apoptotiskt protein på grund av den konserverade BH3-interagerande domändödsagonisten lokaliserad vid C-terminalen av proteinet mellan aminosyraresterna 535 till 611 i människor.

Strukturera

C6orf222 innehåller en enda domän med okänd funktion, DUF3292, som finns mellan aminosyraresterna 38-110. Proteinet är prolinrikt men asparagin och tyrosin dåligt. Laddningsfördelningen av proteinet är ganska lika i det att det inte finns några positiva eller negativa laddningskluster sekvestrerade i proteinet.

En schematisk representation av de konserverade domänerna, nukleär lokaliseringssignal och fosforylerade aminosyrarester i human C6orf222. De röda diamantmarkörerna indikerar konserverade fosfoserinrester och de grå diamantmarkörerna indikerar konserverade fosfotreoninrester.

De sekundära strukturerna av proteinet förutspåddes via flera bioinformatikservrar. Alla fyra programmen förutspådde omfattande störning i proteinet vid N-terminalen, från 79 % till 88 % av proteinet. Denna omfattning av störning överensstämmer med proteinets aminosyrasammansättning och är prolinrik. Det fanns flera a-helixstrukturer som förutspåddes vid proteinets C-terminal och konserverade i ortologer av det humana proteinet. Proteinet var övervägande lösligt, med en majoritet av aminosyraresterna exponerade.15 Genomsnittet av hydrofobicitet för c6orf222 var -0,968, vilket indikerar proteinets lösliga natur.

Post-translationella modifieringar

Det finns omfattande, förutspådd fosforylering av C6orf222, med 42 fosfoseriner och 7 fosfotreoniner som konserveras i ortologer av det humana C6orf222-proteinet. Dessa resultat antyder att C6orf222 är ett fosfoprotein . Proteinet innehåller endast en kärnexportsignalrest, hittad vid 275-L; dock var NES-poängen ganska låg på 0,672. Strukturell analys av proteinet som ska sekvestreras i kärnan med 95 % sannolikhet. Denna förutsägelse stöds av närvaron av en nukleär lokaliseringssekvens (NLS) som finns mellan resterna 142–151.

Proteininteraktioner

Även om bioinformatikprogrammen MINT, STRING och Gene Cards inte avslöjade några proteininteraktioner med C6orf222. En förutspådd BH3-domän i C6orf222-proteinet visade sig interagera med både Bcl-2 och Bcl-xL, vilket innebär att C6orf222 är involverad i apoptos .

Tabell över potentiella bindningsplatser för transkriptionsfaktorer i den förväntade C6orf222 -arrangören:

Transkriptionsfaktor	Start	Slutet	Strå	Matrix poäng	Sekvens
Myeloid zinkfingerprotein MZF1	115	125	-	1 000	gtGGGGaggga
Värmechockfaktor 2	91	115	-	0,953	aggtacctagaaAGAAaggtcagcg
NF-kp	106	120	-	0,894	gaGGGAggtacctag
GATA-bindande faktor 2	133	145	+	0,958	caaaGATAactga
Pleomorft adenom gen 1	168	190	-	1 000	taGGGGgagaaagtcgaggtggc
TF-yin yang 2	196	218	+	0,839	catttcCCATtaagtcttgtttt
RBPJ-K	196	208	-	0,951	ttaaTGGGaaatg
Humana akuta myelogena leukemifaktorer	281	295	-	0,834	actGGGGttttgggt
Smad3 TF involverad i TGF-β-signalering	244	254	-	0,995	aagGTCTggct

Homologi och evolution

Ortologt utrymme

82 organismer har förutspått ortologer med C6orf222 . Den mest avlägsna ortologen är den gröna havssköldpaddan, som avvek från människan för 296 miljoner år sedan, vilket tyder på att C6orf222 utvecklades hos reptiler och fåglar.

Tabell över C6orf222 ortologer:

Vetenskapligt namn	Vanligt namn	Avvikelsedatum från människor (MYA)	NCBI Protein Accession	Proteinlängd (aminosyror)	Sekvenslikhet (%)
Homo sapiens	Mänsklig	0	NP_001010903.3	652	100
Gorilla gorilla	Gorilla	8.8	XP_004043942.1	652	97
Callithrix jacchus	Vanlig silkesapa	42,6	XP_002746521.2	678	81
Camelus ferus	Bakterisk kamel	94,2	XP_006195372	658	62
Physeter katodon	Kaskelot	94,2	XP_007115001.1	638	60
Orcinus späckhuggare	späckhuggare	94,2	XP_004267852.1	639	60
Canis lupus familiaris	Hund	94,2	XP_850456	662	58
Mustela putorius furo	Snoka	94,2	XP_004770808	664	57
Oryctolagus cuniculus	Kanin	92,3	XP_008261475	716	49
Mus musculus	Mus	92,3	NP_766038.1	669	47
Haliaeetus leucocephalus	Vithövdad havsörn	296	XP_010583084.0	407	28
Fulmarus glacialis	Nordlig havstull	296	XP_009570924.1	435	28
Chelonia mydas	Grön havssköldpadda	296	XP_007063595.1	387	33

Paralogiskt utrymme

C6orf222 utvecklingshastighet i jämförelse med den snabbt utvecklande FAG- genen och den långsamt utvecklande CYCS- genen.

Det finns inga förutspådda paraloger för C6orf222 hos både människor och möss.

Bevarade regioner

Flera sekvensanpassningar visade bevarande av aminosyror i hela C6orf222-proteinet i en mängd olika ortologer, med den mest omfattande bevarandet på proteinets C-terminal . Den BH3-interagerande domändödsagonisten (BID) visade sig vara konserverad vid C-terminalen i en multipelsekvensinriktning i både strikta och avlägsna ortologer. Den lika fördelningen av positivt och negativt laddade aminosyrarester har visat sig vara bevarad genom ortologer av det humana C6orf222-proteinet.

Evolution

C6orf222 är en gen som utvecklas snabbt, till sin natur liknande fibrinogen alfakedja FGA . Denna evolutionära trend står i kontrast till Cytochrome c , som har visat sig vara en långsamt utvecklande gen.