C2orf27
Okarakteriserat protein C2orf27 är ett protein som hos människor kodas av C2orf27A -genen . Även om dess funktion inte är tydligt förstås, genom användning av bioinformatisk analys förs mer information fram i ljuset.
Gen
mRNA : t är 1 222 bp långt och ligger vid 2q21.2 med totalt fem exoner i Homo sapiens . Andra källor listar C2orf27B som en paralog men detta är osannolikt eftersom båda generna finns på samma plats på kromosom 2 . Det verkar vara allmänt accepterat att de är samma gen. Andra genalias inkluderar C2orf27 och kromosom 2 öppen läsram 27A. Genen omges uppströms av POTEKP och nedströms av ANKRD 30BL.
Protein
Längden på C2orf27-proteinsekvensen är 203 aa lång och har en molekylvikt på 21,5 kDa med ett pl på 5,13 i Homo sapiens . När man tar hänsyn till primatortologerna sträcker sig molekylvikterna från 21,4 till 36,7 kDa med den isoelektriska punkten från 4,58 till 5,25. Denna gen är belägen i cellens kärna och den innehåller inga transmembranregioner.
Om man tittar på motiven för proteinsekvensen finns några viktiga. Alla de upprepade sekvenserna är koncentrerade nära N-terminalen av proteinet och är mycket konserverade genom alla ortologer.
| PGTA | LELE | PVPA | PPGTALEL / PPGSALEL | |
|---|---|---|---|---|
| Plats 1 | P37-A40 | L41-E44 | P21-A24 | P36-L43 |
| Plats 2 | P54-A57 | L86-E89 | P27-A30 | P75-L82 |
Post-translationellt finns det flera glykosyleringsställen utspridda genom proteinsekvensen, fosforyleringsställe placerad vid S13 och en kärnexportsignal belägen vid L80 - V90, som också råkar vara inom en spiralformad spiralregion .
Uttryck
C2orf27 uttrycks överallt i de flesta vävnader men med ökat uttryck i hjärnan, bukspottkörteln, njurarna och testiklarna.
Interaktioner
Proteinet sägs interagera med ett annat protein som kallas ataxin-1, vilket upptäcktes genom att utföra en tvåhybridbytespoolning (Y2H) tillvägagångssätt. De delar liknande egenskaper som att vara belägna i cellkärnan och uttrycks i hjärnan.
Strukturera
Den övergripande strukturen för detta protein förutspås bestå av både alfa-helixar och beta-ark. Majoriteten av alfa-helixarna faller på N-terminalen av proteinet och beta-sheets faller nära C-terminalen av proteinet. Det finns en sekvens av fyra proliner lokaliserade från P185 till P188 som har den sekundära strukturen av en typ II polyprolin helix .
Evolutionshistoria
Den här genen finns i primater men finns också med mycket låga E-värden i andra däggdjur och organismer som fiskar, ryggradslösa djur, svampar, bakterier eller växter. Proteinet C2orf27 finns dock strikt endast hos primater som schimpanser , gorillor och babianer.
När man jämför mRNA för C2orf27A med uteslutning av primater, visar det sig att det finns en hög likhet med en gen som kallas neurobeachin (NBEA) NBEA . När man tittade på denna koppling mellan de två, fann man att NBEA var på en annan läsram än C2orf27A , vilket redan börjar utesluta all likhet mellan de två. Detta bekräftades baserat på det faktum att när man jämförde båda dessa proteinsekvenser, resulterade det i en 44% likhet i en 1% frågetäckning. Dessa proteinsekvenser är helt olika, vilket tyder på att deras funktioner kanske inte är lika. Det upptäcktes också när man jämförde inriktningen av sekvenserna, det visades att en dupliceringshändelse inträffade mellan NBEA och C2orf27A . NBEA finns på kromosom 13 men en del av detta mRNA motsvarar, med en likhetspoäng på 96 %, med exoner ett till fyra på C2orf27 på kromosom 2. Detta kan vara ett exempel på en gendupliceringshändelse .
Med hänsyn till allt detta kan dupliceringen av NBEA till kromosom 2 för att bilda C2orf27 vara divergenspunkten för genen som blir strikt närvarande endast hos primater.
Klinisk signifikans
C2orf27A har visat sig vara associerad med icke-syndromisk kraniosynostos , en för tidig sammansmältning av calvaria . Det finns två distinkta subtyper av denna sjukdom och patienter med en viss subtyp närvarande med en ökning av uttrycket av vissa gener som är karakteristiska för varje subtyp. Det finns subtyp A som är associerad med ökat insulinliknande tillväxtfaktoruttryck och subtyp B som är associerat med ökat integrinexpression . Det finns ett ökat uttryck av genen C2orf27A som visas hos patienter med subtyp B-sjukdomen.
Genom en kombination av en mikroarray-analys och användning av IPA-mjukvara har C2orf27A visat sig regleras av hormonet melatonin och kopplat till en roll i cellulär rörelse, funktionen och utvecklingen av blod och benmärg, och cellmedierad respons av immunförsvar.
Den chimära fusionen av C2orf27A (exon 1) och NBEA (exon 37 och 38) fanns endast i äggstockscancerprover.