C10orf35

Den blå markerade linjen visar platsen för c10orf35-genen på kromosom 10.

Kromosom 10 öppen läsram 35 ( c10orf35 ) är en gen som hos människor kodar för ett proteinbindande transmembranprotein . Proteinet innehåller domänen med okänd funktion 4605 (DUF4605) som tillhör proteinfamiljen pfam15378. Denna gen är belägen vid lokus 10q22.1.

Generella egenskaper

De fysikaliska egenskaperna hos c10orf35-proteinet analyserades och molekylvikten förutspåddes vara 13,2 kdal, och den isoelektriska punkten förutspåddes vara 11,5. Egenskaperna för DUF4605 analyserades också, och molekylvikten förutspåddes vara 6,0 kdal. Den isoelektriska punkten förutspåddes vara 6,9, vilket är betydligt mindre basiskt än hela proteinet.

Egenskaper och struktur

Denna bild ger en förutspådd bild av de viktigaste sekundära strukturegenskaperna, bevarade regioner och post-translationell modifieringsplats.

Detta protein inkluderar en mycket konserverad region mellan aminosyrorna 1 och 19 upptäckt av MSA. DUF 4605 är belägen mellan aminosyrorna 62 och 92. Den sekundära strukturen av c10orf35-proteinet förutspåddes bestå av ett β-ark mellan aminosyrorna 3 och 5, en α-helix mellan 61 och 72, och en transmembran α-helix mellan 92 och 112. Serinet i position 62 kan fosforyleras för att bilda en fosfoseringrupp.

Homologi

Paraloger

Proteinet av intresse har en liknande, paralog domän som finns i c4orf32, som är bevarad i däggdjur, fåglar, mycket få reptiler och en amfibie.

Ortologer

Proteinet som kodas för av c10orf35 har många ortologer som främst finns hos däggdjur, reptiler, få amfibier, en fisk och en ryggradslös djur. Baserat på en multipelsekvensanpassning mellan representativa ortologer, bekräftades DUF 4605 och en andra, mycket konserverad region.

Uttryck

Denna bild visar uttrycket av c10orf35-proteinet i olika mänskliga vävnader.

Proteinet c10orf35 har uttryck över den 75:e percentilen i hjärnan, ryggmärgen och manliga reproduktionsorgan. Inom det manliga reproduktionssystemet finns RNA i testiklarna och prostatan, medan proteinet uttrycks i bitestikeln. I hjärnan finns RNA:t i hjärnbarken, medan proteinet uttrycks överallt i hela hjärnan.

Proteininteraktioner

c10orf35-proteinet har experimentellt visats av Affinity Capture-MS att interagera med 7 andra proteiner som visas nedan.

Interagerande proteinsymbol	Definition
ATP1B3	ATPas, Na + /K + Transporterande, Beta 3-polypeptid
CD3E	CD3e-molekyl, epsilon (CD3-TCR-komplex)
GABRE	Gamma-aminosmörsyra (GABA) En receptor, epsilon
HTR3C	5-hydroxitryptamin (serotonin) receptor 3C, jonotrop
LPAR1	Lysofosfatidinsyrareceptor 1
SGCD	Sarkoglykan, delta (35 kDa dystrofinassocierat glykoprotein)
ZACN	Zinkaktiverad ligandstyrd jonkanal