BioTapestry
| Utvecklare | Institutet för systembiologi |
|---|---|
| Stabil frisättning | 7.0.0 / 22 september 2014 |
| Operativ system | Alla ( Java -baserade) |
| Licens | LGPL |
| Hemsida | BioTapestry hem |
BioTapestry är ett program med öppen källkod för modellering och visualisering av genreglerande nätverk ( GRN).
Historia
BioTapestry skapades vid Institute of Systems Biology i Seattle, i samarbete med Davidson Lab vid California Institute of Technology . Projektet initierades för att stödja den pågående utvecklingen av modellen för GRN som reglerar utvecklingen av endomesoderm i sjöborren Strongylocentrotus purpuratus . BioTapestry offentliggjordes först i slutet av 2003 som en webbaserad, skrivskyddad interaktiv tittare för sjöborrarnas nätverk, med den första fullt fungerande redigeraren som släpptes i augusti 2004 (v0.94.1). Den nuvarande versionen, 7.0.0, släpptes i september 2014.
Utveckling
Utvecklingsarbete med BioTapestry pågår. Mer information om version 7.0 finns på sidan med versionskommentarer .
Användande
BioTapestry är ett interaktivt verktyg för att modellera och visualisera genreglerande nätverk.
Interaktiva exempel
- Sjöborre endomesoderm nätverk från Davidson Lab.
- Sjöborre ektoderm nätverk från Davidson Lab.
- Mus ventral neuralrörsspecifikation från McMahon Lab.
- Environment And Gene Regulatory Influence Network (EGRIN) för Halobacterium salinarum NRC-1 från Baliga Lab.
- T-cellsgenreglerande nätverk från Rothenberg Lab.
- Zebrafisk utvecklingsgenreglerande nätverk från Yuh Lab.
- Limb Morfogenesis från Vokes Lab.
Funktioner
Inmatning
- Gene Regulatory Networks kan ritas för hand.
- Nätverk kan byggas med hjälp av listor över interaktioner som anges via dialogrutor.
- Listor över interaktioner kan matas in med hjälp av CSV-filer (comma-separated-value).
- Nätverk kan byggas med SIF-filer som indata.
- BioTapestry kan acceptera nätverksdefinitioner via Gaggle-ramverket.
Visualisering
- BioTapestry använder ortogonalt riktade hyperlänkar och en hierarkisk presentation av modeller.
Analys
- BioTapestry kan skapa System Biology Markup Language- filer för en undergrupp av nätverk.
Dokumentation
- BioTapestrys hemsida har länkar till flera tutorials för användning av programvaran.