Klubben grundades 1954 av Mordechai Bejerano. 1961–62 vann Beitar Liga Gimel Dan -divisionen och flyttades upp till Liga Bet , den tredje nivån i israelisk fotboll vid den tiden, efter bortaseger med 3–2 i säsongens sista och avgörande match mot uppflyttningsutmanare, Hapoel Ramat HaSharon . I Liga Bet, efter att ha slutat 11:a respektive 4:a under 1962–63 och 1963–64 , vann klubben North B-divisionen säsongen 1964–65 , efter att ha toppat ligan hela säsongen, och gjort historisk uppflyttning till andra nivån, Liga Alef . Beitar placerades i den södra divisionen av Liga Alef för säsongen 1965–66 , där de undvek nedflyttning i den sista matchen för säsongen, efter att ha vunnit 1–0 i ett derby mot Hapoel Kiryat Ono . Under den följande säsongen , som var dubbelsäsongen 1966–68, slutade klubben på andra botten och tappade tillbaka till Liga Bet. Beitar drabbades av ytterligare nedflyttning säsongen 1968–69 , denna gång till Liga Gimel, efter att de slutade i botten av South A-divisionen, med bara en poäng och 100 mål emot.
35 år senare, 2003–04 , slutade klubben tvåa i Liga Gimel Tel Aviv-divisionen , efter mästarna, Hapoel Ramat Yisrael , och gjorde en återgång till Liga Bet (nu som den femte nivån). Beitar startade säsongen 2004–05 i Liga Bet South A division, där de mötte lokalrivaler, Hapoel Kiryat Ono , i en match som slutade oavgjort. Men den 26 december 2004 (mitt under säsongen) har Kiryat Onos kommun beslutat att stänga klubben och lämna Hapoel som den enda klubben i staden.
