ATP syntas alfa/beta subenheter
| ATP-syntas alfa/beta-familj, beta-fat-domän | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 Förenklad modell av F O F 1 -ATPas alias ATP-syntas från E. coli . Subenheter av enzymet är märkta i enlighet därmed.
| |||||||||||
| Identifierare | |||||||||||
| Symbol | ATP-synt_ab_N | ||||||||||
| Pfam | PF02874 | ||||||||||
| InterPro | IPR004100 | ||||||||||
| PROSITE | PDOC00137 | ||||||||||
| SCOP2 | 1bmf / SCOPe / SUPFAM | ||||||||||
| |||||||||||
| ATP-syntas alfa/beta-familj, nukleotidbindande | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| domänidentifierare | |||||||||||
| Symbol | ATP-synt_ab | ||||||||||
| Pfam | PF00006 | ||||||||||
| InterPro | IPR000194 | ||||||||||
| PROSITE | PDOC00137 | ||||||||||
| SCOP2 | 1bmf / SCOPe / SUPFAM | ||||||||||
| |||||||||||
| ATP-syntas alfa/beta-kedja, C- | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| terminaldomänidentifierare | |||||||||||
| Symbol | ATP-synt_ab_C | ||||||||||
| Pfam | PF00306 | ||||||||||
| InterPro | IPR000793 | ||||||||||
| SCOP2 | 1bmf / SCOPe / SUPFAM | ||||||||||
| |||||||||||
Alfa- och beta-subenheterna (eller A och B) finns i F1-, V1- och A1-komplexen av F-, V- och A-ATPaser, såväl som flagellär (T3SS) ATPas och termineringsfaktorn Rho. Underenheterna utgör en ring som innehåller den ATP-hydrolyserande (eller producerande) katalytiska kärnan. F-ATPaserna (eller F1Fo ATPaserna), V-ATPaserna (eller V1Vo ATPaserna) och A-ATPaserna (eller A1Ao ATPaserna) är sammansatta av två sammanlänkade komplex: F1-, V1- eller A1-komplexet innehåller som syntetiserar/hydrolyserar ATP, och FoU , Vo eller Ao-komplex som bildar den membranomspännande poren. F-, V- och A-ATPaserna innehåller alla roterande motorer, en som driver protontranslokation över membranet och en som driver ATP-syntes/hydrolys.
ATPaser (eller ATP-syntaser ) är membranbundna enzymkomplex/ jontransportörer som kombinerar ATP- syntes och/eller hydrolys med transport av protoner över ett membran. ATPaser kan utnyttja energin från en protongradient genom att använda jonflödet över membranet via ATPase- protonkanalen för att driva syntesen av ATP. Vissa ATPaser fungerar omvänt och använder energin från hydrolysen av ATP för att skapa en protongradient.
Det finns olika typer av ATPaser, som kan skilja sig åt i funktion (ATP-syntes och/eller hydrolys), struktur (F-, V- och A-ATPaser innehåller roterande motorer) och i vilken typ av joner de transporterar. Typerna med denna domän inkluderar:
- F-ATPaser (F1Fo ATPaser) finns i mitokondrier, kloroplaster och bakteriella plasmamembran är de främsta producenterna av ATP, med hjälp av protongradienten som genereras av oxidativ fosforylering (mitokondrier) eller fotosyntes (kloroplaster).
- V-ATPaser (V1Vo ATPaser) finns främst i eukaryota vakuoler, vilket katalyserar ATP-hydrolys för att transportera lösta ämnen och lägre pH i organeller.
- A-ATPaser (A1Ao ATPaser) finns i Archaea och fungerar som F-ATPaser.
- T3SS / flagellum ATPaser, som är homologa med båda delarna av A/F/V roterande ATPaser: starkt i "1"-delen och svagt i "O"-delen.
- Ringformade DNA-helikaser som Rho-faktorn , där ringen är homolog med α/β-subenheterna.
I F-ATPaser finns det tre kopior av var och en av alfa- och beta-subenheterna som bildar den katalytiska kärnan av F1-komplexet, medan de återstående F1-subenheterna (gamma, delta, epsilon) utgör en del av stjälkarna. Det finns ett substratbindande ställe på var och en av alfa- och beta-subenheterna, de på beta-subenheterna är katalytiska, medan de på alfa-subenheterna är regulatoriska. Alfa- och beta-underenheterna bildar en cylinder som är fäst vid den centrala skaftet. Alfa/beta-subenheterna genomgår en sekvens av konformationsförändringar som leder till bildandet av ATP från ADP, vilka induceras av rotationen av gamma-subenheten, som i sig drivs av rörelsen av protoner genom Fo-komplex C-subenheten.
I V- och A-ATPaser är alfa/A- och beta/B-subenheterna i V1- eller A1-komplexet homologa med alfa- och beta-subenheterna i F1-komplexet av F-ATPaser, förutom att alfa-subenheten är katalytisk och beta underenhet är reglerande.
Alfa/A- och beta/B-subenheterna kan var och en delas in i tre regioner, eller domäner , centrerade på den ATP-bindande fickan och baserat på struktur och funktion. Den centrala domänen innehåller de nukleotidbindande resterna som kommer i direkt kontakt med ADP/ATP-molekylen.
Humana proteiner som innehåller denna domän
ATP5A1 ; ATP5B ; ATP6V1A ; ATP6V1B1 ; ATP6V1B2 ;