I det första skedet delades 68 lag in i sjutton grupper om fyra, organiserade regionalt. Lagen spelade hemma och borta mot de andra tre lagen i sin grupp, totalt sex matcher. Vinnaren av varje grupp plus de 15 bästa tvåorna kvalificerade sig till den andra etappen. Från och med andra etappen spelades tävlingen som en utslagsturnering. De fyra semifinalisterna kvalificerade sig till Campeonato Brasileiro Série C 2017. Vinnarna av semifinalerna spelade finalen över två sträckor för att fastställa mästaren.
Källa: [ citat behövs ] (Q) Kvalificerad för den angivna fasen
Andra fasen
Den andra etappen var en tvåbent knockout, där lottningen regionaliseras.
Kval och lottning
De 32 kvalen (17 gruppvinnare och 15 bäst presterande grupp tvåa) delades upp i två potter. Pot 1 innehöll de 16 bäst presterande gruppvinnarna. Pot 2 innehöll den sämst presterande gruppvinnaren och de 15 tvåorna i kvalgruppen. I pott 1 var lagen numrerade 1 till 16 i nummerordning efter gruppen de kvalificerade sig från. I pott 2 var lagen numrerade 17 till 32 i nummerordning efter gruppen de kvalificerade sig från. I fallet att en av de kvalificerade tvåorna kom från samma grupp som den sämst presterande gruppvinnaren, skulle båda lagen vara i pott 2 och gruppvinnaren skulle numreras lägre i sekvensen än grupptvåan.
För att hålla lottningen regionaliserad skulle lag 1 spela mot lag 18, lag 2 skulle spela mot lag 17 och detta mönster upprepades under hela lottningen. Det högre numrerade laget skulle spela hemma i den första omgången.
Ranking av gruppvinnare
Rangordning av gruppvinnare för att bestämma det sämst presterande laget som skulle placeras i pott 2 uppnåddes genom att jämföra 1) Poäng 2) Flest segrar 3) Bästa målskillnad 4) Flest gjorda mål 5) Sortera.
Rangordning av grupptvåan för att fastställa de 15 bäst presterande lagen som ska placeras i pott 2 uppnåddes genom att jämföra 1) Poäng 2) Flest segrar 3) Bästa målskillnad 4) Flest gjorda mål 5) Sortera.
Den tredje etappen var också en tvåbent knockout, med lottningen regionaliserad. Oavgjort var förutbestämt från den andra etappen, där vinnaren av andra etappen oavgjort 1 spelade vinnaren av andra steget oavgjort 2, etc.
Slipsar
Första laget i lottningen har hemmafördel i den andra omgången.
Sista etappen var en tvåbens knockouttävling med kvartsfinal, semifinal och sista omgångar. Lottningen till kvartsfinalen var seedad utifrån resultattabellen för alla matcher i tävlingen för de kvalificerade lagen. Första skulle spela åttonde, andra skulle spela sjua, etc. De fyra bästa lagen skulle spela den andra omgången hemma. De fyra vinnarna i kvartsfinalen flyttades upp till Série C för 2017.
Lottningen till semifinalen var seedad utifrån tabellen över resultat för alla matcher i tävlingen för de kvalificerade lagen. Första skulle spela fyra, andra skulle spela tredje. De två bästa lagen skulle spela den andra omgången hemma.
I finalen skulle laget med tävlingens bästa resultat spela den andra etappen på hemmaplan.